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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER跑MD想同时加多个restraint,碰到的问题？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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陈闹钟

金虫 (初入文坛)

[求助] AMBER跑MD想同时加多个restraint,碰到的问题？ 已有1人参与

我在用AMBER跑MD，想加多个restraint,请问有人知道怎么加吗？我做的输入文件如下：

我按照我这个输入文件加restraint，我看输出的out文件，系统只认最后一行的restraint，没有前几行的restraint。谢谢！

input  file:
&cntrl
  imin = 0, irest = 1, ntx = 7,
  ntb = 2, pres0 = 1.0, ntp = 1,
  taup = 2.0,
  cut = 12.0, ntr = 1,
  ntc = 2, ntf = 2,
  tempi = 300.0, temp0 = 300.0,
  ntt = 3, gamma_ln = 1.0,
  nstlim = 250000, dt = 0.002,
  ntpr = 1000, ntwx = 1000, ntwr = 1000,
restraintmask = '(:62 >@10.0) & !@H='  restraint_wt = 12.0
restraintmask = '((:62 >@9.0) & (:62 <@10.0)) & !@H='  restraint_wt = 10.0
restraintmask = '((:62 >@8.0) & (:62 <@9.0)) & !@H='  restraint_wt = 8.0
restraintmask = '((:62 >@7.0) & (:62 <@8.0)) & !@H='  restraint_wt = 6.0
restraintmask = '((:62 >@6.0) & (:62 <@7.0)) & !@H='  restraint_wt = 4.0
restraintmask = '((:62 >@5.0) & (:62 <@6.0)) & !@H='  restraint_wt = 2.0,
/
Hold the 8HQ fixed
0.0
RES 1 225
END
END
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1楼 2014-01-13 15:03:20
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陈闹钟

金虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-18 08:22:57
看manual里面说到用nmropt＝1可以设置似乎，另外ntr＝1只能设置一个限制

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-01-18 00:08:39
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2014-01-18 10:28:24
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