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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD平衡过程分子溢出周期水环境
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD平衡过程分子溢出周期水环境 已有2人参与

在15埃厚度的周期性水环境中运行环糊精的动力学平衡
运行过程环糊精在水盒子当中的位置不稳定，运行1ns的后半部分，有环糊精的部分结构溢出的现象发生。
询问了一些做过Gromacs的师兄，给出的建议是设置重原子的约束力。但是依然不太明白是什么意思。
这个和固定原子的方法有什么区别么？
谢谢！
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1楼 2013-12-21 08:55:36
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-21 10:55:15
29050801: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢！ 2013-12-21 12:29:58
有结构溢出水盒子没关系…对结果没有影响，但是设定了约束力你的结果很可能是错的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-12-21 10:12:59
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-12-21 10:12:59
有结构溢出水盒子没关系…对结果没有影响，但是设定了约束力你的结果很可能是错的

哦 原来这样啊
那就放心了
是不是可以吧盒子放的稍微大点啊，这样的话？
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3楼2013-12-21 12:30:36
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29050801

新虫 (小有名气)
NAMD的邮件列表也有类似的问题
其中一个谈到的和楼上的回复一个意思
----
If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much
you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit
cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is
of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints,
but you had better not.
----
地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html
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4楼2013-12-21 14:54:40
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
29050801: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-25 08:18:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-12-21 12:30:36
哦 原来这样啊
那就放心了
是不是可以吧盒子放的稍微大点啊，这样的话？...

可以是可以 但是没有这个必要
因为有周期性边界啊
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5楼2013-12-21 21:25:28
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:27:09
本帖内容被屏蔽
6楼2013-12-21 22:12:27
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by smutao at 2013-12-21 22:12:27
个人认为是不能溢出水的，否则蛋白就不在溶液里面的。...

建议你先回去补充分析模拟基础知识

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2013-12-22 09:27:14
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励理性回帖。 2013-12-22 12:27:35
本帖内容被屏蔽
8楼2013-12-22 11:21:36
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-12-21 21:25:28
可以是可以 但是没有这个必要
因为有周期性边界啊...

模拟时间放长了之后看到了
确实是您说的
因为部分溢出后，当整个分子都出来水环境之后
就到了另一侧了

谢谢！
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9楼2013-12-25 08:14:53
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by smutao at 2013-12-21 22:12:27
个人认为是不能溢出水的，否则蛋白就不在溶液里面的。...

是的
我师兄也说这个溢出问题在蛋白模拟中很常见
他告诉我说让我记一个约束力‘
但是我也不懂

另外我模拟的是一个贝塔环糊精在水中
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10楼2013-12-25 08:16:29
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