| 查看: 1143 | 回复: 10 | ||
29050801新虫 (小有名气)
|
[求助]
NAMD平衡过程分子溢出周期水环境 已有2人参与
|
|
在15埃厚度的周期性水环境中运行环糊精的动力学平衡 运行过程环糊精在水盒子当中的位置不稳定，运行1ns的后半部分，有环糊精的部分结构溢出的现象发生。 询问了一些做过Gromacs的师兄，给出的建议是设置重原子的约束力。但是依然不太明白是什么意思。 这个和固定原子的方法有什么区别么？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？
已经有10人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有13人回复
-
什么是人一生最重要的？
已经有8人回复
-
版面费该交吗
已经有17人回复
-
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低
已经有19人回复
-
【博士招生】太原理工大学2026化工博士
已经有8人回复
-
280求调剂
已经有4人回复
-
面上可以超过30页吧？
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-12-21 10:12:59
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2013-12-21 12:30:36
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
|
NAMD的邮件列表也有类似的问题 其中一个谈到的和楼上的回复一个意思 ---- If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints, but you had better not. ---- 地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html |
4楼2013-12-21 14:54:40
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2013-12-21 21:25:28
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:27:09
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:27:09
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2013-12-21 22:12:27
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-12-22 09:27:14
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励理性回帖。 2013-12-22 12:27:35
月只蓝: 金币+1, 鼓励理性回帖。 2013-12-22 12:27:35
|
本帖内容被屏蔽 |
8楼2013-12-22 11:21:36
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
9楼2013-12-25 08:14:53
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
10楼2013-12-25 08:16:29