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29050801

新虫 (小有名气)

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性别: GG
专业: 生物化学

[求助] NAMD平衡过程分子溢出周期水环境已有2人参与

在15埃厚度的周期性水环境中运行环糊精的动力学平衡
运行过程环糊精在水盒子当中的位置不稳定，运行1ns的后半部分，有环糊精的部分结构溢出的现象发生。
询问了一些做过Gromacs的师兄，给出的建议是设置重原子的约束力。但是依然不太明白是什么意思。
这个和固定原子的方法有什么区别么？
谢谢！

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namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边已经有10人回复

个人主页http://cnrdn.com/pXg5

1楼 2013-12-21 08:55:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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新虫 (小有名气)

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NAMD的邮件列表也有类似的问题
其中一个谈到的和楼上的回复一个意思
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If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much
you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit
cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is
of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints,
but you had better not.
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地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html