| 查看: 1371 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
29050801新虫 (小有名气)
|
[求助]
NAMD平衡过程分子溢出周期水环境 已有2人参与
|
||
|
在15埃厚度的周期性水环境中运行环糊精的动力学平衡 运行过程环糊精在水盒子当中的位置不稳定，运行1ns的后半部分，有环糊精的部分结构溢出的现象发生。 询问了一些做过Gromacs的师兄，给出的建议是设置重原子的约束力。但是依然不太明白是什么意思。 这个和固定原子的方法有什么区别么？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
|
NAMD的邮件列表也有类似的问题 其中一个谈到的和楼上的回复一个意思 ---- If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints, but you had better not. ---- 地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html |
4楼2013-12-21 14:54:40
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-12-21 10:12:59
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2013-12-21 12:30:36
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2013-12-21 21:25:28
40