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29050801新虫 (小有名气)
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NAMD平衡过程分子溢出周期水环境 已有2人参与
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在15埃厚度的周期性水环境中运行环糊精的动力学平衡 运行过程环糊精在水盒子当中的位置不稳定，运行1ns的后半部分，有环糊精的部分结构溢出的现象发生。 询问了一些做过Gromacs的师兄，给出的建议是设置重原子的约束力。但是依然不太明白是什么意思。 这个和固定原子的方法有什么区别么？ 谢谢！ |
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月只蓝: 金币+1, 鼓励理性回帖。 2013-12-22 12:27:35
月只蓝: 金币+1, 鼓励理性回帖。 2013-12-22 12:27:35
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8楼2013-12-22 11:21:36
fhh2626
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2楼2013-12-21 10:12:59
29050801
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3楼2013-12-21 12:30:36
29050801
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NAMD的邮件列表也有类似的问题 其中一个谈到的和楼上的回复一个意思 ---- If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints, but you had better not. ---- 地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html |
4楼2013-12-21 14:54:40