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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Ne的非键范德华参数
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gx730

金虫 (正式写手)

[求助] Ne的非键范德华参数 已有2人参与

如题。
谢谢！
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1楼 2013-12-25 12:06:09
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gx730

金虫 (正式写手)
用Ne做探测粒子，进行势能面的扫面，但是不知道Ne的范德华非键参数
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2楼2013-12-25 12:07:04
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gx730: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢您的帮助 2013-12-25 15:04:56
gx730: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢您的帮助 2013-12-25 15:11:52
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:22:55
google 'neon lennard-jones parameters'
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3楼2013-12-25 12:31:17
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gx730: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的帮助 2013-12-25 14:52:44
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:23:01
看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129   Ne        10     20.17970     0.000       A    2.78000e-01  2.88696e-01
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gromacs
4楼2013-12-25 12:36:14
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 12:36:14
看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129   Ne        10     20.17970     0.000       A    2.78000e-01  2.88696e-01

谢谢您的回复。
扫面势能面得到的两个基团之间的L-J参数，我想用LB规则，知道了Ne的就可以求出我要的那个基团的参数了。
我找了towhee自带的 力场   opls-2001   opls-1996   opls-aa  opls-ua 没有发现Ne的，你给的这个opls-129是那个版本的啊？
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5楼2013-12-25 14:57:46
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:23:07
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-25 14:57:46
谢谢您的回复。
扫面势能面得到的两个基团之间的L-J参数，我想用LB规则，知道了Ne的就可以求出我要的那个基团的参数了。
我找了towhee自带的 力场   opls-2001   opls-1996   opls-aa  opls-ua 没有发现Ne的，你 ...

oplsaa里的ffnobond。itp
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gromacs
6楼2013-12-25 22:10:34
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 12:36:14
看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129   Ne        10     20.17970     0.000       A    2.78000e-01  2.88696e-01

是不是处于不同的环境，这个L-J参数不同，我看到有一片文献里Ne的非键参数是 sigma=1.53    eplice=0.085
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7楼2013-12-25 22:10:59
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:23:13
不同力场里的非键参数是不同的，但是像你所说的不同环境，如果是指原子的类型不太相同，比方说甲烷的C和苯环的C，但是对于稀有气体，我觉得不太应该，它用什么力场里的Ne参数？
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gromacs
8楼2013-12-25 22:16:21
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 22:16:21
不同力场里的非键参数是不同的，但是像你所说的不同环境，如果是指原子的类型不太相同，比方说甲烷的C和苯环的C，但是对于稀有气体，我觉得不太应该，它用什么力场里的Ne参数？

是1998年的一篇文献上提到的，没有说Ne是在哪个力场，只是说它的参数了，是把Ne当做探测粒子去扫面烷烃势能面从而拟合L-J参数的，烷烃的力场采用CHARMM力场
Ne的非键范德华参数
截图1388021877.png
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9楼2013-12-26 09:40:48
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 22:16:21
不同力场里的非键参数是不同的，但是像你所说的不同环境，如果是指原子的类型不太相同，比方说甲烷的C和苯环的C，但是对于稀有气体，我觉得不太应该，它用什么力场里的Ne参数？

有没有这种可能  OPLS力场中ne作为液体，所以范德华半径比较大，
作为探测粒子时候是孤立的气相原子，范德华半径比较小？
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10楼2013-12-26 10:06:11
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