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1楼2013-12-25 12:06:09

gx730

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用Ne做探测粒子，进行势能面的扫面，但是不知道Ne的范德华非键参数

2楼2013-12-25 12:07:04

lsloneil

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google 'neon lennard-jones parameters'

3楼2013-12-25 12:31:17

fangsteel

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看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129 Ne 10 20.17970 0.000 A 2.78000e-01 2.88696e-01

gromacs

4楼2013-12-25 12:36:14

gx730

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引用回帖:

4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 12:36:14
看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129 Ne 10 20.17970 0.000 A 2.78000e-01 2.88696e-01

谢谢您的回复。
扫面势能面得到的两个基团之间的L-J参数，我想用LB规则，知道了Ne的就可以求出我要的那个基团的参数了。
我找了towhee自带的力场 opls-2001 opls-1996 opls-aa opls-ua 没有发现Ne的，你给的这个opls-129是那个版本的啊？

5楼2013-12-25 14:57:46

fangsteel

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引用回帖:

5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-25 14:57:46
谢谢您的回复。
扫面势能面得到的两个基团之间的L-J参数，我想用LB规则，知道了Ne的就可以求出我要的那个基团的参数了。
我找了towhee自带的力场 opls-2001 opls-1996 opls-aa opls-ua 没有发现Ne的，你 ...

oplsaa里的ffnobond。itp

gromacs

6楼2013-12-25 22:10:34

gx730

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引用回帖:

4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 12:36:14
看你想用什么力场把，amber里面好像没给出，opls力场有
opls_129 Ne 10 20.17970 0.000 A 2.78000e-01 2.88696e-01

是不是处于不同的环境，这个L-J参数不同，我看到有一片文献里Ne的非键参数是 sigma=1.53 eplice=0.085

7楼2013-12-25 22:10:59