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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Ne的非键范德华参数
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 10:06:11
有没有这种可能  OPLS力场中ne作为液体，所以范德华半径比较大，
作为探测粒子时候是孤立的气相原子，范德华半径比较小？...

这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的
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gromacs
11楼2013-12-26 12:10:50
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的...

指的就是sigma。
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12楼2013-12-26 14:59:33
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 22:10:34
oplsaa里的ffnobond。itp...

真的很不好意思。希望您能帮我看看
不知道为什么，我仔细找了一下OPLS-AA以及CHARMM，都没有发现Ne的非键参数。
是在 nonbonded types 里找吧？
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13楼2013-12-26 15:11:22
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的...

我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面，得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别？？？
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14楼2013-12-26 15:57:07
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 15:57:07
我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面，得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别？？？...

ffnonbonded.itp
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gromacs
15楼2013-12-26 16:01:56
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 16:01:56
ffnonbonded.itp...

不明白你这是什么意思？
可能跟towhee里面的力场格式不太一样。
我没有看到这样表示的方法
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16楼2013-12-26 16:35:35
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