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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 10:06:11
有没有这种可能  OPLS力场中ne作为液体,所以范德华半径比较大,
作为探测粒子时候是孤立的气相原子,范德华半径比较小?...

这个跟气体所处的状态没关系的,charmm力场也有NE的范德华参数,但是你那个文献的Rmin是指什么的
gromacs
11楼2013-12-26 12:10:50
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gx730

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的,charmm力场也有NE的范德华参数,但是你那个文献的Rmin是指什么的...

指的就是sigma。
12楼2013-12-26 14:59:33
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gx730

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 22:10:34
oplsaa里的ffnobond。itp...

真的很不好意思。希望您能帮我看看
不知道为什么,我仔细找了一下OPLS-AA以及CHARMM,都没有发现Ne的非键参数。
是在 nonbonded types 里找吧?
13楼2013-12-26 15:11:22
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gx730

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的,charmm力场也有NE的范德华参数,但是你那个文献的Rmin是指什么的...

我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面,得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别???
14楼2013-12-26 15:57:07
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 15:57:07
我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面,得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别???...

ffnonbonded.itp
gromacs
15楼2013-12-26 16:01:56
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gx730

金虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 16:01:56
ffnonbonded.itp...

不明白你这是什么意思?
可能跟towhee里面的力场格式不太一样。
我没有看到这样表示的方法
16楼2013-12-26 16:35:35
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