应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Ne的非键范德华参数
162/2返回列表上一页12
查看: 2277  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 10:06:11
有没有这种可能  OPLS力场中ne作为液体，所以范德华半径比较大，
作为探测粒子时候是孤立的气相原子，范德华半径比较小？...

这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的
赞一下 回复此楼
gromacs
11楼2013-12-26 12:10:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的...

指的就是sigma。
回复此楼
12楼2013-12-26 14:59:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-25 22:10:34
oplsaa里的ffnobond。itp...

真的很不好意思。希望您能帮我看看
不知道为什么，我仔细找了一下OPLS-AA以及CHARMM，都没有发现Ne的非键参数。
是在 nonbonded types 里找吧？
赞一下 回复此楼
13楼2013-12-26 15:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 12:10:50
这个跟气体所处的状态没关系的，charmm力场也有NE的范德华参数，但是你那个文献的Rmin是指什么的...

我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面，得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别？？？
赞一下 回复此楼
14楼2013-12-26 15:57:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-26 15:57:07
我用高斯扫面Ne 和Ne之间的势能面，得出Ne的非键L-J参数sigma大概也是1.5左右。
液体和孤立的分子 的L-J参数是应该有点区别？？？...

ffnonbonded.itp
赞一下 回复此楼
gromacs
15楼2013-12-26 16:01:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by fangsteel at 2013-12-26 16:01:56
ffnonbonded.itp...

不明白你这是什么意思？
可能跟towhee里面的力场格式不太一样。
我没有看到这样表示的方法
赞一下 回复此楼
16楼2013-12-26 16:35:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gx730 的主题更新
162/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 6/300 2026-09-18 01:54 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-18 01:54 by cITaGg3p5edr
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 23:28 by cuPZTDXS3VOd
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 8/400 2026-09-17 23:28 by cuPZTDXS3VOd
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 23:16 by cuPZTDXS3VOd
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-17 22:51 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:27 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 23jxep3nCNZb 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-17 12:29 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 4/200 2026-09-17 06:26 by k06BKNblrGRH
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 05:38 by k06BKNblrGRH
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 03:14 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭