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[求助]
NAMD 怎样计算膜的疏水性宽度
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向各位大神求助： 我之前查文献，文献定义疏水性宽度是指，上下两层脂质膜中磷脂分子上的与磷酸氧相连接的碳原子之间的距离。个人理解为只要分别计算出上、下两层层这些碳原子的质心坐标，然后根据这两个坐标得到向量，从而可以得到目前膜的疏水性宽度。 但是当选定单层的磷脂分子，用脚本计算质心时候出现错误，错误提示为bad weight sum。 附上计算用的脚本，希望得到指点，或者虫友们是否有其他计算疏水宽度的更好的方法呢？不胜感激不胜感激呀。。。。。 |
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附件没传成功，直接复制脚本内容吧 source bigdcd.tcl set outf [open center.dat w] proc mycenter { frame } { global p1 outf set z1 [lindex [measure center $p1 weight mass] 2] puts $outf "$frame $z1" } set mol [mol new 8pnt_mem_water.psf type psf waitfor all] set p1 [atomselect $mol "lipid and name C1 and z>0"] bigdcd mycenter dcd eq_1.dcd bigdcd_wait #close $outf |
2楼2013-12-03 19:46:00