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Gromacs/Amber/NAMD
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默默的小虫子
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Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
(评阅+1)
(8/2217)
linyusuc
2013-11-29
2013-12-02 16:30:04
by
cg陈
[
Gromacs
]
[已完结]
为什么做不了位置限制性模拟?
(评阅+1)
(7/1426)
三木713
2013-11-27
2013-12-02 15:24:55
by
三木713
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
主成分分析蛋白运动的豪猪图是怎么做的?
(评阅+1)
(0/1945)
leopard518
2013-11-30
2013-11-30 22:11:26
by
leopard518
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
【求助求助】有关md.mdp文件的设置问题~~~
(评阅+1)
(4/1180)
三木713
2013-11-20
2013-11-25 17:35:11
by
yaozhq
[
Gromacs
]
[已完结]
请问哪里可以找到乙酸、丙酸、丁酸等小分子力场文件
(评阅+1)
(2/517)
29050801
2013-11-19
2013-11-25 08:37:41
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
物理化学学报咨询
(评阅+1)
(1/507)
蓝洛水seven
2013-11-22
2013-11-22 13:56:53
by
czyzsu
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
关于约束优化时蛋白质残基的编号问题
(评阅+1)
(2/809)
1054950560
2013-11-21
2013-11-21 15:44:01
by
1054950560
[
Gromacs
]
[已完结]
关于抗衡离子的问题
(5/1994)
little_lion
2013-01-29
2013-11-21 10:49:30
by
iovvoi
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 能量优化出错
(8/1953)
903566945
2012-07-24
2013-11-20 14:21:29
by
ferlich
[
Gromacs
]
DPDmacs计算任务后,输出文件没有confout.gro
(1/643)
ghy8879
2012-02-22
2013-11-20 13:07:40
by
darling1228
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD脂质膜序列参数是怎么一回事?
(评阅+1)
(4/900)
yylcx
2013-11-19
2013-11-20 08:39:58
by
yylcx
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs的热力学积分突变残基的top文件应该如何设置
(评阅+1)
(0/641)
lmyiop
2013-11-20
2013-11-20 00:13:36
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
求助帖
(评阅+5)
(3/402)
XUEZEXU
2013-11-16
2013-11-19 09:26:17
by
XUEZEXU
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
碘三负离子(I3-)力场参数
(评阅+1)
(0/672)
mengsk
2013-11-18
2013-11-18 20:41:24
by
mengsk
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
MD盒子建构
(评阅+1)
(4/978)
linyusuc
2013-11-17
2013-11-18 07:31:39
by
sciencejoy
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
如何生成vesicle的结构
(评阅+1)
(7/955)
wj925806
2013-11-15
2013-11-17 22:31:39
by
wj925806
[
Gromacs
]
明年有哪些分子模拟方面的会议?
(评阅+1)
(3/727)
voleyes
2013-11-15
2013-11-15 20:46:52
by
beefly
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
关于amber中gaff力场和amber力场的原子类型的对应关系的问题
(2/1039)
陈闹钟
2013-11-13
2013-11-13 23:12:38
by
陈闹钟
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs的小问题
(评阅+5)
(2/413)
XUEZEXU
2013-11-12
2013-11-13 13:06:53
by
XUEZEXU
[
Gromacs
]
[已完结]
模拟第一步就出了问题,说是残基有问题,求大神帮忙看看是哪出了问题、、急急急!!!
(评阅+1)
(5/1504)
三木713
2013-11-04
2013-11-11 08:44:57
by
三木713
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
汽化热理论与实验值
(评阅+1)
(3/1184)
linyusuc
2013-11-07
2013-11-08 14:07:25
by
lsloneil
[
Gromacs
]
[已完结]
体系包括N2和DPPC,求推荐gromacs力场
(评阅+5)
(1/319)
sundandan_
2013-11-04
2013-11-06 22:38:37
by
sundandan_
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学结果的判断标准
(评阅+1)
(5/2131)
fxpy631
2013-11-02
2013-11-05 18:22:50
by
syonghua
[
Gromacs
]
[已完结]
windows 版Gromacs运行
(1/1591)
姬宫千歌音
2013-11-03
2013-11-03 21:16:39
by
fangsteel
[
Gromacs
]
体系静电势能可以用什么软件计算
(16/2910)
夏天的鱼
2013-05-19
2013-11-03 16:24:42
by
zhupiao0727
[
Gromacs
]
分子力场中非键能
(4/1508)
linyusuc
2013-10-30
2013-10-31 18:01:49
by
linyusuc
[
Gromacs
]
[已完结]
模拟建立一个二元混合气体(CO2和H2)的盒子,怎么得到混合气体的密度?
(2/467)
巴雅尔
2013-10-29
2013-10-30 20:58:18
by
巴雅尔
[
Gromacs
]
恒定磁场对蛋白质的结构的影响
(3/662)
dxia85
2013-10-14
2013-10-29 21:12:36
by
biorad
[
Gromacs
]
[已完结]
急求解答,关于力场的电荷参数!!!
(4/2032)
haoguoyu
2013-10-27
2013-10-29 14:50:13
by
ChemiAndy
[
Gromacs
]
[已完结]
有没有研究淀粉方面分子动力学的大牛啊、本人菜鸟太多问题、需要帮助啊!!!
(
1
2
)
(11/1741)
三木713
2013-10-24
2013-10-29 09:29:58
by
阿德
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中金属离子的处理
(6/2751)
qingtian510
2013-09-23
2013-10-29 09:05:47
by
泊小夏
[
Gromacs
]
[已完结]
使用amber中的antechamber 出现1 is not a valid atom id in CONECT
(0/247)
达夫
2013-10-28
2013-10-28 21:59:55
by
达夫
[
Gromacs
]
[已完结]
蛋白质的电荷不为整数问题
(3/1871)
邓芳
2013-10-25
2013-10-27 16:27:43
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
contact angle time line 接触角与时间的关系
(1/446)
jackwangee
2013-10-25
2013-10-26 15:16:05
by
王苗kevin
[
Gromacs
]
[已完结]
跑出盒子的原子怎么移回来
(3/1580)
shabeir
2013-10-25
2013-10-26 10:15:59
by
fhh2626
[
Gromacs
]
[已完结]
水溶菌酶模拟
(2/369)
水儿CoCo
2013-10-26
2013-10-26 09:46:10
by
水儿CoCo
[
Gromacs
]
[已完结]
求助VMD里面水的表示。。或者存储rst7的格式。。。
(4/965)
亍寞
2013-10-25
2013-10-25 15:00:16
by
亍寞
[
Gromacs
]
关于gromacs的安装的问题
(2/516)
phyzhsh
2013-10-23
2013-10-23 17:10:19
by
phyzhsh
[
Gromacs
]
[已完结]
跑动力学时停电,就跑了一大半,能不能在继续做啊
(
1
2
)
(15/2192)
1054950560
2013-10-22
2013-10-23 16:46:03
by
1054950560
[
Gromacs
]
[已完结]
amber跑动力学后如何分析二级结构的变化
(0/675)
1054950560
2013-10-21
2013-10-21 15:43:25
by
1054950560
[
Gromacs
]
我想用gromacs做部分水解聚丙烯酰胺水溶液的分子动力学模拟
(0/352)
qugm110
2013-10-20
2013-10-20 17:16:45
by
qugm110
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
SiO2的模型-gromacs
(0/1213)
polyester
2013-10-19
2013-10-19 16:03:10
by
polyester
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS做二维多孔石墨烯的MD,求一合适的nvt.mdp参数文件
(1/1096)
Physics77
2013-10-16
2013-10-17 21:38:31
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs跑完动力学模拟之后如何分析小分子和蛋白之间的相互作用?
(2/1259)
pkuchemistry
2013-10-15
2013-10-16 20:28:18
by
转基因猴子
[
Gromacs
]
[已完结]
跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容,为什么?
(4/1946)
pkuchemistry
2013-10-16
2013-10-16 19:03:25
by
pkuchemistry
[
Gromacs
]
gromacs自己添加residue遇到的问题
(模拟EPI+1)
(6/2865)
ilxmc
2013-01-18
2013-10-14 17:12:28
by
SunnyRain0.0
[
Gromacs
]
关于用amber跑REMD计算的流程及输入文件的设置
(6/3239)
jackyma
2013-07-02
2013-10-13 12:59:59
by
蓝洛水seven
[
Gromacs
]
[已完结]
有葡萄糖的par和top文件吗
(2/505)
wshzxcc
2012-04-20
2013-10-12 18:00:32
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD的top文件对结果的影响
(4/542)
29050801
2013-10-03
2013-10-07 15:16:30
by
29050801
[
Gromacs
]
gromacs分子模拟参考文献
(2/900)
wuyao0513
2013-10-02
2013-10-04 17:10:10
by
dzxywlx
[
Gromacs
]
[已完结]
关于heme的力场参数
(0/1068)
亍寞
2013-10-03
2013-10-03 17:27:38
by
亍寞
[
Gromacs
]
[已完结]
pdb文件,top文件
(6/1654)
liqianjun
2011-12-05
2013-10-03 13:07:37
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的?
(8/1804)
broken1999
2013-05-21
2013-09-30 07:14:39
by
fzp888666
[
Gromacs
]
【求助】弱弱的问namd
(
1
2
)
(14/1741)
astringent
2010-08-02
2013-09-26 12:33:37
by
PSA
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs安装好后运行pdb2gmx显示还未安装pdb2gmx呢?
(4/1113)
转基因猴子
2013-09-24
2013-09-25 23:03:45
by
yaozhq
[
Gromacs
]
NAMD模拟对硬件的要求
(17/2598)
周_周
2013-09-03
2013-09-23 10:55:18
by
yaozhq
[
Gromacs
]
[已完结]
请问一下文件格式为NetCDF和ASCII之间怎么转化的呢?
(1/2109)
夏天的鱼
2013-09-22
2013-09-23 09:08:51
by
lingogo
[
Gromacs
]
[已完结]
npt后为什么压强平均值一直达不到设定值1bar?
(5/1649)
fhj1027
2013-09-18
2013-09-22 14:08:57
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
分析二级结构的变化过程
(9/2191)
紫漠残星
2013-09-18
2013-09-19 12:53:07
by
jackyma
[
Gromacs
]
[已完结]
trjconv
(0/677)
spirte雷
2013-09-18
2013-09-18 23:13:48
by
spirte雷
[
Gromacs
]
【求助】各位好:我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial漂亮
(评阅+1)
(6/1083)
nufang19a
2010-11-03
2013-09-18 17:37:56
by
29050801
[
Gromacs
]
【求助】关于分子动力学模拟疑惑
(6/2383)
crispsoft
2011-03-02
2013-09-18 17:33:51
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
求助NAMD在LINUX系统下的入门教程
(1/674)
sunnuan
2011-08-23
2013-09-18 17:26:28
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
求有关NAMD相关教程。
(3/725)
化学化工系
2013-03-04
2013-09-18 16:43:26
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
在蛋白体系中collision crosssection (CCS)用来说明什么问题
(1/443)
倩430
2013-09-16
2013-09-17 10:13:06
by
倩430
[
Gromacs
]
[已完结]
用什么样的指标可以描述蛋白活性位点形状的变化
(0/399)
lmyiop
2013-09-15
2013-09-15 00:12:51
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 非正常残基的制作
(2/416)
saabx
2013-09-13
2013-09-14 12:38:09
by
saabx
[
Gromacs
]
[已完结]
如何在蛋白PDB文件中加上相应钙离子?
(2/1564)
转基因猴子
2013-09-12
2013-09-13 14:40:06
by
转基因猴子
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,gromacs中如何给系统中部分水分子附加另外的速度
(0/480)
sundandan_
2013-09-11
2013-09-11 09:49:59
by
sundandan_
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs4.5.5安装问题
(5/2007)
qingtian510
2013-09-07
2013-09-09 14:26:47
by
wangyan10
[
Gromacs
]
[已完结]
关于蒸发过程模拟
(7/1837)
lanyu2004
2013-06-08
2013-09-07 14:39:49
by
gswylq
[
Gromacs
]
增加反应物的浓度加快反应进程,缩短模拟时间
(3/709)
mengsk
2013-09-04
2013-09-06 11:07:37
by
pigrass
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs表面张力怎么算?
(1/1632)
wanglang1987
2013-09-05
2013-09-06 08:39:24
by
sciencejoy
[
Gromacs
]
[已完结]
关于金属蛋白RESP电荷拟合!
(1/974)
haoguoyu
2013-07-23
2013-09-05 20:26:44
by
floon
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS安装时出现 Cannot find smmintrin.h,求助该怎么办
(4/1223)
lisuperyao
2013-07-24
2013-09-05 16:10:52
by
lisuperyao
[
Gromacs
]
[已完结]
各位大牛求教~ptraj分析产生的grid文件如何导入vmd?
(0/337)
lingogo
2013-09-04
2013-09-04 17:44:03
by
lingogo
[
Gromacs
]
[已完结]
ms到处聚乙烯itp文件生成问题
(0/348)
fangsteel
2013-09-04
2013-09-04 12:07:28
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
请教核酸的RMSD计算
(0/587)
czx12czx
2013-09-03
2013-09-03 09:56:06
by
czx12czx
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs4.6.3安装出错
(2/623)
SunnyRain0.0
2013-08-30
2013-09-03 08:41:18
by
SunnyRain0.0
[
Gromacs
]
[已完结]
求:amber 计算氨基酸之间接触数contacts 详细命令
(2/629)
相约南药
2013-09-01
2013-09-02 20:01:53
by
nunup5
[
Gromacs
]
[已完结]
关于Gromacs
(3/725)
转基因猴子
2013-08-30
2013-09-02 09:30:58
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
安装gromacs中碰到的问题,请高手帮忙解答,非常感谢!
(5/1492)
nuaaxj
2013-08-12
2013-08-30 10:14:54
by
saabx
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 聚合物
(1/1170)
天街暮雨
2013-08-24
2013-08-28 10:01:40
by
三木713
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD如何模拟在不同压力下蛋白变化?
(1/696)
maomaopass
2013-08-23
2013-08-26 14:18:37
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs与APBS联用问题
(0/441)
lmyiop
2013-08-25
2013-08-25 14:23:23
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
gromac跑完动力学以后,用VMD计算每一帧构象的溶剂可及表面积,求TCL脚本
(0/1606)
皎皎亲
2013-08-23
2013-08-23 17:13:48
by
皎皎亲
[
Gromacs
]
[已完结]
请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
(
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2
)
(11/2614)
qxluan88
2013-03-28
2013-08-22 16:18:42
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
离子电荷密度ionic charge density
(0/1589)
mengsk
2013-08-22
2013-08-22 11:52:21
by
mengsk
[
Gromacs
]
[已完结]
PRODRG提示mol文件格式无效,应该是什么样的
(3/1009)
hongyexi
2013-08-17
2013-08-17 19:38:57
by
dubo
[
Gromacs
]
[已完结]
求助一个gromacs的并行脚本
(5/1723)
lisuperyao
2013-08-09
2013-08-14 16:56:35
by
dubo
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD 2.9 CUDA version 安装
(5/1398)
shadow004
2013-08-05
2013-08-08 09:38:49
by
wally8962
[
Gromacs
]
[已完结]
antechamber遇到问题
(5/902)
小卷xujunli
2013-07-24
2013-08-08 08:37:46
by
rantingjing
[
Gromacs
]
[已完结]
mdp文件
(1/570)
spirte雷
2013-08-01
2013-08-01 17:57:24
by
spirte雷
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber提交计算任务出错提示。求解!
(0/682)
高興丶
2013-07-31
2013-07-31 11:35:46
by
高興丶
[
Gromacs
]
[已完结]
怎样解决AMBER中ptraj检查出来的atoms are too close
(0/654)
丝路依在
2013-07-30
2013-07-30 15:57:45
by
丝路依在
[
Gromacs
]
[已完结]
g_hbond命令设置‘供体-氢原子’长度
(1/693)
sunnylfq
2013-07-24
2013-07-24 17:35:15
by
xiaowu759
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber处理蛋白问题,求解答
(1/768)
gss0840401
2013-07-17
2013-07-22 14:37:38
by
gss0840401
[
Gromacs
]
[已完结]
antechamber中出现Segmentation fault
(1/1126)
jane8556
2013-07-21
2013-07-22 11:26:44
by
yaozhq
[
Gromacs
]
【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
(30/3596)
zyj8119
2010-12-19
2013-07-21 16:24:47
by
mumun
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