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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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看手册。可以继续跑的
11楼2013-10-23 09:14:52
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-10-23 09:14:52
看手册。可以继续跑的

我使用的是amber,貌似不能继续了,我看手册,没找到相关的介绍,你知道的话能否给我说下是哪个版块的?谢谢啦哈
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
12楼2013-10-23 10:34:22
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-22 18:15:22
可以继续跑的,mdrun里面有命令,看你的输出文件是不是有state.cpt文件,只要在在原来的mdrun命令里加入-cpi state.cpt  -append就行了

如果这样的话,应该还需要修改指令文件么,而且感觉继续跑的话和一些指令就对不上了,而且万一cpt文件中的坐标不是完整的结构,在参考的话就不可以了,总感觉继续跑不可能了
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
13楼2013-10-23 11:01:25
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-10-22 17:01:35
你用的是什么软件啊?
一般的MD 软件都有续算的办法的

例如 NAMD 的 restart
       gromacs 的 cpt   
文件,续算即可。

这样的问题,急求助,不如赶紧看手册。

还是觉得不可以,续算可以,就是说你跑了10NS以后,觉得不够,在10ns的基础上继续跑这是可以的,毕竟有了rst文件,可是如果是突然间断的,在继续跑的话,一些指令是不是就无法跟上了,就得需要改变指令,而且如果输出的坐标文件不是完整的结构,就无法和原子类型结合,还是无法继续。我个人认为是这样,你觉得呢
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
14楼2013-10-23 11:07:48
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:45:09
引用回帖:
14楼: Originally posted by 1054950560 at 2013-10-23 11:07:48
还是觉得不可以,续算可以,就是说你跑了10NS以后,觉得不够,在10ns的基础上继续跑这是可以的,毕竟有了rst文件,可是如果是突然间断的,在继续跑的话,一些指令是不是就无法跟上了,就得需要改变指令,而且如果输 ...

你可以把文件中不完整的最后一步删掉,然后restart
15楼2013-10-23 14:14:07
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-10-23 14:14:07
你可以把文件中不完整的最后一步删掉,然后restart...

删掉以后就没有输入文件了,rst文件写入的是最后一个构象,也就是说突然中断后输出的rst文件是不完整的,因此无法继续进行。而且即使正好是完整的,重新开始输入指令的也会跟不上,这样的话还是不可以继续的吧?
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
16楼2013-10-23 16:46:03
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