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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 跑动力学时停电，就跑了一大半，能不能在继续做啊
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1054950560

金虫 (正式写手)

[求助] 跑动力学时停电，就跑了一大半，能不能在继续做啊

各位，急求助啊，我不知道怎么往下做了，跑几十ns，忽然停电了，就还有几ns就跑完了，可是怎么开始接着做啊
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
1楼 2013-10-22 16:45:57
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jinwei331

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:22:07
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:44:28
这个恐怕只能重新做，试验条件有可能已经发生了变化。
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2楼2013-10-22 16:48:42
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loveless1007

新虫 (初入文坛)
同求
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3楼2013-10-22 16:50:12
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:23:08
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:44:37
你用的是什么软件啊？
一般的MD 软件都有续算的办法的

例如 NAMD 的 restart
       gromacs 的 cpt   
文件，续算即可。

这样的问题，急求助，不如赶紧看手册。
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4楼2013-10-22 17:01:35
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vvv928

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:23:19
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-29 14:44:44
这个应该只能是重做了
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5楼2013-10-22 17:14:38
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:24:06
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-29 14:44:50
可以继续跑的，mdrun里面有命令，看你的输出文件是不是有state.cpt文件，只要在在原来的mdrun命令里加入-cpi state.cpt  -append就行了
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gromacs
6楼2013-10-22 18:15:22
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1054950560

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinwei331 at 2013-10-22 16:48:42
这个恐怕只能重新做，试验条件有可能已经发生了变化。

嗯，我也这么觉得，断了后随机数给的不一样了，而且坐标可能和原子类型对不上了，毕竟可能不是完整断的，只能重新开始了
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
7楼2013-10-22 19:21:42
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1054950560

金虫 (正式写手)
内容已删除
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
8楼2013-10-22 19:22:58
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1054950560

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-22 18:15:22
可以继续跑的，mdrun里面有命令，看你的输出文件是不是有state.cpt文件，只要在在原来的mdrun命令里加入-cpi state.cpt  -append就行了

嗯，谢谢了哈
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
9楼2013-10-22 19:25:17
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1054950560

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by loveless1007 at 2013-10-22 16:50:12
同求

使用amber不能继续跑了，只能重新了，至于其他的我就不知了
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10楼2013-10-22 19:26:38
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