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1054950560

金虫 (正式写手)

[求助] 跑动力学时停电,就跑了一大半,能不能在继续做啊

各位,急求助啊,我不知道怎么往下做了,跑几十ns,忽然停电了,就还有几ns就跑完了,可是怎么开始接着做啊
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努力就会有回报,不管是好的还是坏的
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jinwei331

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:22:07
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:44:28
这个恐怕只能重新做,试验条件有可能已经发生了变化。
2楼2013-10-22 16:48:42
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loveless1007

新虫 (初入文坛)

3楼2013-10-22 16:50:12
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:23:08
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:44:37
你用的是什么软件啊?
一般的MD 软件都有续算的办法的

例如 NAMD 的 restart
       gromacs 的 cpt   
文件,续算即可。

这样的问题,急求助,不如赶紧看手册。
4楼2013-10-22 17:01:35
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vvv928

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:23:19
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:44:44
这个应该只能是重做了
5楼2013-10-22 17:14:38
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1054950560: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-22 19:24:06
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:44:50
可以继续跑的,mdrun里面有命令,看你的输出文件是不是有state.cpt文件,只要在在原来的mdrun命令里加入-cpi state.cpt  -append就行了
gromacs
6楼2013-10-22 18:15:22
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jinwei331 at 2013-10-22 16:48:42
这个恐怕只能重新做,试验条件有可能已经发生了变化。

嗯,我也这么觉得,断了后随机数给的不一样了,而且坐标可能和原子类型对不上了,毕竟可能不是完整断的,只能重新开始了
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
7楼2013-10-22 19:21:42
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1054950560

金虫 (正式写手)

内容已删除
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
8楼2013-10-22 19:22:58
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-22 18:15:22
可以继续跑的,mdrun里面有命令,看你的输出文件是不是有state.cpt文件,只要在在原来的mdrun命令里加入-cpi state.cpt  -append就行了

嗯,谢谢了哈
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
9楼2013-10-22 19:25:17
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1054950560

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by loveless1007 at 2013-10-22 16:50:12
同求

使用amber不能继续跑了,只能重新了,至于其他的我就不知了
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
10楼2013-10-22 19:26:38
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