| 查看: 609 | 回复: 2 | ||
相约南药木虫 (正式写手)
药物上将
|
[求助]
求：amber 计算氨基酸之间接触数contacts 详细命令
|
|
本人想计算蛋白质间各个氨基酸之间的 contacts，但是在ambertools里面找到的命令只有： contacts [ first | reference ] [ byresidue ] [ out filename ] [ time interval ] [ distance cutoff ] [ mask ] 对该命令不甚了了，想问哪位有自己实验室内部对这个命令，具体细化点的命令，比如计算energy的: $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/caohm/mmgbsa/mmgbsa.in -o /home/caohm/mmgbsa/tot.dat -sp /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p.prmtop -cp /home/caohm/mmgbsa/site2.prmtop -rp /home/caohm/mmgbsa/1h9z.prmtop -lp /home/caohm/mmgbsa/pcb.prmtop -y /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p-equil-5.mdcrd :多谢各位！ |
回复此楼» 猜你喜欢
垃圾破二本职称评审标准
已经有17人回复
-
职称评审没过，求安慰
已经有30人回复
-
回收溶剂求助
已经有6人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有22人回复
-
申请26博士
已经有5人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
聘U V热熔胶研究人员
已经有10人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
投稿返修后收到这样的回复，还有希望吗
已经有8人回复
nunup5
木虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5617.1
- 散金: 178
- 红花: 2
- 帖子: 239
- 在线: 1341小时
- 虫号: 1091965
- 注册: 2010-09-07
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-09-02 20:01:27
nunup5
木虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5617.1
- 散金: 178
- 红花: 2
- 帖子: 239
- 在线: 1341小时
- 虫号: 1091965
- 注册: 2010-09-07
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-09-02 20:01:53