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相约南药木虫 (正式写手)
药物上将
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[求助]
求：amber 计算氨基酸之间接触数contacts 详细命令
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本人想计算蛋白质间各个氨基酸之间的 contacts，但是在ambertools里面找到的命令只有： contacts [ first | reference ] [ byresidue ] [ out filename ] [ time interval ] [ distance cutoff ] [ mask ] 对该命令不甚了了，想问哪位有自己实验室内部对这个命令，具体细化点的命令，比如计算energy的: $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/caohm/mmgbsa/mmgbsa.in -o /home/caohm/mmgbsa/tot.dat -sp /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p.prmtop -cp /home/caohm/mmgbsa/site2.prmtop -rp /home/caohm/mmgbsa/1h9z.prmtop -lp /home/caohm/mmgbsa/pcb.prmtop -y /home/caohm/mmgbsa/site2-tip3p-equil-5.mdcrd :多谢各位！ |
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