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亍寞

金虫 (小有名气)

[求助] 关于heme的力场参数

最近要做cytochrome c相关的东西，但是其中heme的amber FF下的参数没有办法确定，不知道该怎么办诶

查文献的话，经常被用的是F. Autenrieth, E. Tajkhorshid, J. Baudry, and Z. Luthey-Schulten, J. Comput. Chem. 25, 1613 (2004).但是他们的suppl info是charmm的，想只从里面取出RESP电荷自己做amber下的FF。可是这篇文章resp电荷的地方说,为了简单H的电荷省略了。。。这篇文章的1616页，表格下面左边第二行，说，所有的非极性氢按照0.09e来计算，但是这个是mulliken电荷部分的说明，咱刚从量化转来没多久不太明白。但是看了下原始引用的文献11，在这篇文章的3602页表格11下面，觉得这个好像并不是说RESP电荷 然后大致看了一下引用这篇文章的所有MD类的文章，计算方法部分也都是一笔带过说用的是这个里面的，也没有具体的参数

另外。。。http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/   这个网站里面heme的prep，感觉应该是cytochrome P450那种里面的，乙烯基和蛋白相连的S键部分和cytochrome c的结合方式不一样，查了好多cytochrome系的FF文章，看见的也大多数是这种类型的结合。。。跟cytochrome c一样的，只有上述2004年的文章。

正在计算heme的优化，B3lyp/6-31g，准备大致构型出来之后，再继续用6-31g*跑，可是优化和scf的阈值都提高了，xqc也用了，可是Fe周围的平面配位被破坏了，觉得可能是heme的周围化学环境没设置好，想着再不行就直接给作者写邮件好了。。。

不好意思唠叨了这么长。。。这几天被这个折腾的神烦。。。求大神帮助！
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1楼 2013-10-03 17:27:38
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