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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学结果的判断标准
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fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学结果的判断标准

我们进行分子动力学模拟时，设置不同的参数，运行不同的时间，都能得出相应的结果，但结果好坏的判断标准是什么呢？RMSD越小越好，还是能量越低越好，等等？
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1楼 2013-11-02 17:01:20
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huai

木虫 (职业作家)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-03 09:50:04
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程，比如说扩散，熔化，怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的，能和实验比较才行阿!
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2楼2013-11-02 20:30:37
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fxpy631

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huai at 2013-11-02 20:30:37
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程，比如说扩散，熔化，怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的，能和实验比较才行阿!

比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程，怎么判断你模拟的结果是正确的？
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3楼2013-11-03 19:55:14
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huai

木虫 (职业作家)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-03 20:43:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-11-03 19:55:14
比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程，怎么判断你模拟的结果是正确的？...

一个过程，它的演化只是满足运动方程和边界条件。如果程序是对的，模拟的结果当然是正确的。分子动力学好不好或准不准，归根结底在与你的原子或分子之间的相互势场是不是合理的。我对蛋白质与水的相互作用不清楚。我觉得应该有人开发相应的势，势好不好就得看文献，或自己测试。

如果是第一原理的分子动力学就不存在上面的问题了。它直接从量子力学原理出发得到原子之间的相互作用力。

模拟就是模拟真实世界的过程。只要模型合理，结果都是正确的。
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4楼2013-11-03 20:23:49
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xuzuorui

新虫 (初入文坛)
请教第一原理的势场有哪些？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-11-04 08:21:59
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syonghua

铜虫 (初入文坛)
可以参考文献，在平衡的基础上参考文献和能量值。
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6楼2013-11-05 18:22:50
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