24小时热门版块排行榜    

查看: 2187  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学结果的判断标准

我们进行分子动力学模拟时,设置不同的参数,运行不同的时间,都能得出相应的结果,但结果好坏的判断标准是什么呢?RMSD越小越好,还是能量越低越好,等等?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syonghua

铜虫 (初入文坛)

可以参考文献,在平衡的基础上参考文献和能量值。
6楼2013-11-05 18:22:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

huai

木虫 (职业作家)


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-03 09:50:04
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程,比如说扩散,熔化,怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的,能和实验比较才行阿!
2楼2013-11-02 20:30:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fxpy631

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huai at 2013-11-02 20:30:37
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程,比如说扩散,熔化,怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的,能和实验比较才行阿!

比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程,怎么判断你模拟的结果是正确的?
3楼2013-11-03 19:55:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huai

木虫 (职业作家)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-03 20:43:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-11-03 19:55:14
比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程,怎么判断你模拟的结果是正确的?...

一个过程,它的演化只是满足运动方程和边界条件。如果程序是对的,模拟的结果当然是正确的。分子动力学好不好或准不准,归根结底在与你的原子或分子之间的相互势场是不是合理的。我对蛋白质与水的相互作用不清楚。我觉得应该有人开发相应的势,势好不好就得看文献,或自己测试。

如果是第一原理的分子动力学就不存在上面的问题了。它直接从量子力学原理出发得到原子之间的相互作用力。

模拟就是模拟真实世界的过程。只要模型合理,结果都是正确的。
4楼2013-11-03 20:23:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295求调剂。一志愿报考郑州大学化学工艺学硕,总分295分 +5 yl1 2026-03-02 5/250 2026-03-02 15:24 by sucesssucess
[考研] 289求调剂 +4 yang婷 2026-03-02 4/200 2026-03-02 14:31 by 向上的胖东
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +6 弗格个 2026-02-28 9/450 2026-03-02 14:09 by liyongv
[考研] 338求调剂 +3 18162027187 2026-03-02 3/150 2026-03-02 13:12 by houyaoxu
[考研] 化工270求调剂 +8 什么名字qwq 2026-03-02 8/400 2026-03-02 13:03 by houyaoxu
[基金申请] 成果系统访问量大,请15分钟后再尝试。由此给您造成的不便,敬请谅解。 +5 xhuama 2026-03-02 5/250 2026-03-02 12:34 by stidwellNK
[考研] 材料工程274求调剂 +4 Lilithan 2026-03-01 4/200 2026-03-02 12:06 by yuchj
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 9/450 2026-03-02 12:04 by 52hz~~
[考研] 0856材料调剂 +4 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:19 by 公瑾逍遥
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:16 by 13853210211
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 13/650 2026-03-02 07:27 by 好好好1233
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 279求调剂 +3 dua1 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:23 by 大脸蛋子
[基金申请] 本子写完了,给DS兄弟看了,得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 0856求调剂285 +10 吕仔龙 2026-02-28 10/500 2026-03-01 21:37 by 公瑾逍遥
[考研] 299求调剂 +3 Y墨明棋妙Y 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:01 by tangxiaotian
[考研] 306分材料调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:48 by 无际的草原
[考博] 26申博 +4 想申博! 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博!
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
信息提示
请填处理意见