应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学结果的判断标准
61/1返回列表
查看: 2177  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学结果的判断标准

我们进行分子动力学模拟时，设置不同的参数，运行不同的时间，都能得出相应的结果，但结果好坏的判断标准是什么呢？RMSD越小越好，还是能量越低越好，等等？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-02 17:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huai

木虫 (职业作家)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-03 09:50:04
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程，比如说扩散，熔化，怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的，能和实验比较才行阿!
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-02 20:30:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fxpy631

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huai at 2013-11-02 20:30:37
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程，比如说扩散，熔化，怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的，能和实验比较才行阿!

比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程，怎么判断你模拟的结果是正确的？
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-03 19:55:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huai

木虫 (职业作家)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-03 20:43:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-11-03 19:55:14
比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程，怎么判断你模拟的结果是正确的？...

一个过程，它的演化只是满足运动方程和边界条件。如果程序是对的，模拟的结果当然是正确的。分子动力学好不好或准不准，归根结底在与你的原子或分子之间的相互势场是不是合理的。我对蛋白质与水的相互作用不清楚。我觉得应该有人开发相应的势，势好不好就得看文献，或自己测试。

如果是第一原理的分子动力学就不存在上面的问题了。它直接从量子力学原理出发得到原子之间的相互作用力。

模拟就是模拟真实世界的过程。只要模型合理，结果都是正确的。
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-03 20:23:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzuorui

新虫 (初入文坛)
请教第一原理的势场有哪些？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-04 08:21:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syonghua

铜虫 (初入文坛)
可以参考文献，在平衡的基础上参考文献和能量值。
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-05 18:22:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fxpy631 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +3 pin8023 2026-02-28 5/250 2026-03-02 00:24 by 花YOU重开日
[考研] 求调剂 +5 yunziaaaaa 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:57 by ccp273206157
[考研] 材料学硕318求调剂 +11 February_Feb 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:53 by ccp273206157
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 0854复试调剂 276 +3 wmm9 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:13 by 热情沙漠
[考研] 0805总分292，求调剂 +7 幻想之殇 2026-03-01 7/350 2026-03-01 21:22 by 公瑾逍遥
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 12/600 2026-03-01 19:48 by 好好好1233
[考研] 306分材料调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:48 by 无际的草原
[考研] 0856化工专硕求调剂 +12 董boxing 2026-03-01 12/600 2026-03-01 19:45 by 材子momo
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 化工专硕348，一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭