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fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学结果的判断标准

我们进行分子动力学模拟时,设置不同的参数,运行不同的时间,都能得出相应的结果,但结果好坏的判断标准是什么呢?RMSD越小越好,还是能量越低越好,等等?
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fxpy631

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huai at 2013-11-02 20:30:37
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程,比如说扩散,熔化,怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的,能和实验比较才行阿!

比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程,怎么判断你模拟的结果是正确的?
3楼2013-11-03 19:55:14
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huai

木虫 (职业作家)


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-03 09:50:04
还是看看讲分子动力学的基础的书吧。分子动力学模拟的是一个动力学过程,比如说扩散,熔化,怎么能判断好坏了。你设置参数应该是合理的,能和实验比较才行阿!
2楼2013-11-02 20:30:37
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huai

木虫 (职业作家)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-03 20:43:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-11-03 19:55:14
比如说我们模拟一个蛋白质在水溶液中的结构变化过程,怎么判断你模拟的结果是正确的?...

一个过程,它的演化只是满足运动方程和边界条件。如果程序是对的,模拟的结果当然是正确的。分子动力学好不好或准不准,归根结底在与你的原子或分子之间的相互势场是不是合理的。我对蛋白质与水的相互作用不清楚。我觉得应该有人开发相应的势,势好不好就得看文献,或自己测试。

如果是第一原理的分子动力学就不存在上面的问题了。它直接从量子力学原理出发得到原子之间的相互作用力。

模拟就是模拟真实世界的过程。只要模型合理,结果都是正确的。
4楼2013-11-03 20:23:49
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xuzuorui

新虫 (初入文坛)

请教第一原理的势场有哪些?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2013-11-04 08:21:59
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