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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学如何判断蛋白质组氨酸的质子化状态
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wl507586

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fanghongmei

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1楼 2013-05-20 23:48:02
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞 2013-05-21 08:01:35
wl507586: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-05-21 09:11:13
1.计算pka，结果的可靠性要靠计算程序了。如果pka<7，说明是去质子化的，反之则是质子化的。不过这条对HIS不太管用，因为去质子化的HIS有HIE和HID
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象，看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键，能形成氢键的，且H在HIS上更为合适的，就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。
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2楼2013-05-21 06:59:16
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wl507586

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3楼2013-05-21 09:12:27
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jackyma

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引用回帖:
3楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 09:12:27
谢谢你的回答，非常有帮助，我还想问一下，HID和HIE都是单质子化的 ，它们和双质子化的HIP如何用Pka来区分呢？...

具体用哪个名字，要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下，pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE（具体用哪个楼上朋友说的很有道理，基本上经验判断），pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/

我也曾经很纠结这个问题，问过指导教授，说这个不能太纠结，因为pka的值会随着蛋白结构变化HIS的露出程度变化而变化，整个动力学模拟过程都会不同的，你初始状态设置的在精确，模拟过程你不可能控制的，所以差不多设置一下就OK了，实在不踏实每种状态都跑一次看看结果有何不同，基本没有太大差别据说。我想实验一直没做。
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wl507586
4楼2013-05-21 09:29:44
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5楼2013-05-21 10:36:32
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6楼2013-05-21 10:38:37
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7楼2013-05-21 10:39:22
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xuxingfeng

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引用回帖:
7楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 10:39:22
谢谢你的帮助，非常感谢...

请问你·做分子动力学软件用的是什么？我的是蛋白 可以用吗？
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8楼2014-03-04 22:03:05
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
送红花一朵
请问楼主，现在对这个问题可否有好的处理办法？本人也遇到同样的问题，现在是整天纠结组氨酸的残基名是该改成HID、HIE，还是HIP。希望前辈可以指点一下小女，不胜感激。。。
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9楼2014-05-21 15:08:21
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