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wl507586

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xuxingfeng

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 10:39:22
谢谢你的帮助,非常感谢...

请问你·做分子动力学软件用的是什么?我的是蛋白 可以用吗?
8楼2014-03-04 22:03:05
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查看全部 9 个回答

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞 2013-05-21 08:01:35
wl507586: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-05-21 09:11:13
1.计算pka,结果的可靠性要靠计算程序了。如果pka<7,说明是去质子化的,反之则是质子化的。不过这条对HIS不太管用,因为去质子化的HIS有HIE和HID
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象,看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键,能形成氢键的,且H在HIS上更为合适的,就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。
2楼2013-05-21 06:59:16
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wl507586

禁虫 (小有名气)

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3楼2013-05-21 09:12:27
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jackyma

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 09:12:27
谢谢你的回答,非常有帮助,我还想问一下,HID和HIE都是单质子化的 ,它们和双质子化的HIP如何用Pka来区分呢?...

具体用哪个名字,要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下,pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE(具体用哪个楼上朋友说的很有道理,基本上经验判断),pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/

我也曾经很纠结这个问题,问过指导教授,说这个不能太纠结,因为pka的值会随着蛋白结构变化HIS的露出程度变化而变化,整个动力学模拟过程都会不同的,你初始状态设置的在精确,模拟过程你不可能控制的,所以差不多设置一下就OK了,实在不踏实每种状态都跑一次看看结果有何不同,基本没有太大差别据说。我想实验一直没做。

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4楼2013-05-21 09:29:44
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