24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 6116  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

科技相关 分子模拟要术 分子模拟

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackyma

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 09:12:27
谢谢你的回答,非常有帮助,我还想问一下,HID和HIE都是单质子化的 ,它们和双质子化的HIP如何用Pka来区分呢?...

具体用哪个名字,要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下,pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE(具体用哪个楼上朋友说的很有道理,基本上经验判断),pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/

我也曾经很纠结这个问题,问过指导教授,说这个不能太纠结,因为pka的值会随着蛋白结构变化HIS的露出程度变化而变化,整个动力学模拟过程都会不同的,你初始状态设置的在精确,模拟过程你不可能控制的,所以差不多设置一下就OK了,实在不踏实每种状态都跑一次看看结果有何不同,基本没有太大差别据说。我想实验一直没做。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-05-21 09:29:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞 2013-05-21 08:01:35
wl507586: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-05-21 09:11:13
1.计算pka,结果的可靠性要靠计算程序了。如果pka<7,说明是去质子化的,反之则是质子化的。不过这条对HIS不太管用,因为去质子化的HIS有HIE和HID
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象,看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键,能形成氢键的,且H在HIS上更为合适的,就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。
2楼2013-05-21 06:59:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

3楼2013-05-21 09:12:27
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

5楼2013-05-21 10:36:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中科院105500专业总分315求调剂 +6 lallalh 2026-04-09 7/350 2026-04-09 17:51 by lallalh
[考研] 316求调剂 +3 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 3/150 2026-04-09 17:31 by wp06
[考研] 297求调剂 +5 Kwgyz 2026-04-09 5/250 2026-04-09 17:18 by wp06
[考研] 求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分 +5 材化李可 2026-04-08 5/250 2026-04-09 17:00 by Lilly_Li
[考研] 280求调剂 +7 wzzz王 2026-04-09 7/350 2026-04-09 15:32 by 释放天性
[考研] 调剂 +3 青灯不负 2026-04-09 3/150 2026-04-09 15:28 by 释放天性
[考研] 086000调剂 +4 十七sa 2026-04-07 4/200 2026-04-09 09:27 by 壹往無前
[考研] 277、学硕,求调剂 数一104, +11 瓶子PZ 2026-04-07 12/600 2026-04-07 23:30 by 一只好果子?
[考研] 344求调剂 +11 魏子per 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:01 by JourneyLucky
[考研] 化学调剂 +18 艾志恒 2026-04-03 19/950 2026-04-07 16:00 by 起飞的比熊1
[考研] 工科 22408 267求推荐 +4 wanwan00 2026-04-05 5/250 2026-04-06 22:47 by chenzhimin
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂 +12 lyz0427 2026-04-03 12/600 2026-04-06 06:37 by houyaoxu
[考研] 308求调剂 +4 maverick^_^ 2026-04-03 4/200 2026-04-05 19:08 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-03 14/700 2026-04-05 18:20 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 271分求调剂学校 +12 zph158488! 2026-04-02 13/650 2026-04-05 10:13 by lqwchd
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖! 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
信息提示
请填处理意见