24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3856)
>文献求助 (403)
>虫友互识 (328)
>导师招生 (313)
>博后之家 (155)
>硕博家园 (154)
>休闲灌水 (138)
>考博 (124)
>论文投稿 (110)
>基金申请 (90)
>招聘信息布告栏 (54)
>考研 (54)
>教师之家 (48)
>公派出国 (43)
>绿色求助(高悬赏) (37)
>找工作 (37)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼2013-05-20 23:48:02

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

送红花一朵

本帖内容被屏蔽

7楼2013-05-21 10:39:22

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 9 个回答

yyuan8658

金虫 (正式写手)

应助: 43 (小学生)
金币: 598.8
散金: 741
红花: 5
帖子: 574
在线: 279.5小时
虫号: 780863
注册: 2009-05-27
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞 2013-05-21 08:01:35
wl507586: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-05-21 09:11:13

1.计算pka，结果的可靠性要靠计算程序了。如果pka<7，说明是去质子化的，反之则是质子化的。不过这条对HIS不太管用，因为去质子化的HIS有HIE和HID
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象，看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键，能形成氢键的，且H在HIS上更为合适的，就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。

赞一下

回复此楼

2楼2013-05-21 06:59:16

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

3楼2013-05-21 09:12:27

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jackyma

新虫 (小有名气)

模拟EPI: 2
应助: 4 (幼儿园)
金币: 648.4
散金: 105
红花: 2
帖子: 160
在线: 53.5小时
虫号: 1196106
注册: 2011-01-25
专业: 药物设计与药物信息

引用回帖:

3楼: Originally posted by wl507586 at 2013-05-21 09:12:27
谢谢你的回答，非常有帮助，我还想问一下，HID和HIE都是单质子化的，它们和双质子化的HIP如何用Pka来区分呢？...

具体用哪个名字，要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下，pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE（具体用哪个楼上朋友说的很有道理，基本上经验判断），pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/

我也曾经很纠结这个问题，问过指导教授，说这个不能太纠结，因为pka的值会随着蛋白结构变化HIS的露出程度变化而变化，整个动力学模拟过程都会不同的，你初始状态设置的在精确，模拟过程你不可能控制的，所以差不多设置一下就OK了，实在不踏实每种状态都跑一次看看结果有何不同，基本没有太大差别据说。我想实验一直没做。

赞一下(1人)

回复此楼