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saabx

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 非正常残基的制作

在使用amber12制作非正常残基中，非正常残基在肽段的中间位置：ILE-XXX-LEU
计算出来的参数调入并且进行check，显示都是正常，但是在保存pdb的时候，在XXX的后面出现TER
ATOM 966 C12 XXX 63......
ATOM 967 H11 XXX 63......
TER
ATOM 968 N    LEU 64 ....
ATOM 969 H    LEU 64 ....

请问为什么会出现TER？我的考虑可能是因为没有成键，故我用bond建立连接，输出的结构依然中间含有TER，求高人指点！

[ Last edited by saabx on 2013-9-13 at 15:11 ]
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1楼 2013-09-13 15:10:05
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wlinucsd

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
因为你这个是非正常残基，library里没有。你可以手动该正（把TER删了，整合你要的residue 在一起）。如果你需要自己的force field给这个非正常残基，你需要生成你这个非正常残基的.prep and .frcmod files. HTH
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2楼2013-09-14 08:10:18
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wlinucsd at 2013-09-14 08:10:18
因为你这个是非正常残基，library里没有。你可以手动该正（把TER删了，整合你要的residue 在一起）。如果你需要自己的force field给这个非正常残基，你需要生成你这个非正常残基的.prep and .frcmod files. HTH

我就是按照你说的这个方法做的，制作了frcmod以及lib，其中并没有出错，check的时候也是正常的，这个时候我使用savepdb输出新的pdb，中间自动出现了TER，不知道是因为什么原因？会不会对体系有影响？
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3楼2013-09-14 12:38:09
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