应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？
51/1返回列表
查看: 867  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wshzxcc

金虫 (小有名气)

[求助] 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？

下面是我用Amber制作碳纳米管（1000个原子）的top和crd文件的步骤：
1 antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
2 parmchk -i CNT.mol2 -f mol2 -o CNT.frcmod
3 $AMBERHOME/exe/xleap -f  $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff99SB
4 source leaprc.gaff
5 CNT=loadmol2 CNT.mol2
6 loadamberparams CNT.frcmod
7 saveoff CNT cnt.lib
8 saveamberparm CNT CNT.prmtop CNT.inpcrd
在第一步时（ antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
）怎么要那么久呢？花了5天还没完成，大家指点一下啊。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
自学成才
1楼 2012-10-06 10:08:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:47:24
wshzxcc: 金币+5 2012-10-08 16:31:25
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-06 13:05:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:05:21
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可

谢谢你的指点，那我该怎么做呢？就是去掉第一步只做其他步骤吗？
赞一下 回复此楼
自学成才
3楼2012-10-06 17:05:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wshzxcc

金虫 (小有名气)
问题已解决
回复此楼
自学成才
4楼2012-10-09 14:46:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蠢蠢欲动

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wshzxcc at 2012-10-09 14:46:51
问题已解决

请问如何解决的问题，我在第一步也三四天了，一直没有完成，请赐教.....
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 14:25:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wshzxcc 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 27/1350 2026-08-18 21:44 by Noways
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 朋友圈看到的 +4 wangzilk 2026-08-18 5/250 2026-08-18 19:25 by wangzilk
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +51 医学老男孩 2026-08-13 110/5500 2026-08-18 19:07 by icerianxia
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭