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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？
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wshzxcc

金虫 (小有名气)

[求助] 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？

下面是我用Amber制作碳纳米管（1000个原子）的top和crd文件的步骤：
1 antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
2 parmchk -i CNT.mol2 -f mol2 -o CNT.frcmod
3 $AMBERHOME/exe/xleap -f  $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff99SB
4 source leaprc.gaff
5 CNT=loadmol2 CNT.mol2
6 loadamberparams CNT.frcmod
7 saveoff CNT cnt.lib
8 saveamberparm CNT CNT.prmtop CNT.inpcrd
在第一步时（ antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
）怎么要那么久呢？花了5天还没完成，大家指点一下啊。
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自学成才
1楼 2012-10-06 10:08:55
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心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:47:24
wshzxcc: 金币+5 2012-10-08 16:31:25
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可
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2楼2012-10-06 13:05:21
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:05:21
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可

谢谢你的指点，那我该怎么做呢？就是去掉第一步只做其他步骤吗？
赞一下 回复此楼
自学成才
3楼2012-10-06 17:05:55
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
问题已解决
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自学成才
4楼2012-10-09 14:46:51
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蠢蠢欲动

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wshzxcc at 2012-10-09 14:46:51
问题已解决

请问如何解决的问题，我在第一步也三四天了，一直没有完成，请赐教.....
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 14:25:01
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