应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？
51/1返回列表
查看: 910  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wshzxcc

金虫 (小有名气)

[求助] 用Amber制作碳纳米管的top和crd文件怎么要那么久？

下面是我用Amber制作碳纳米管（1000个原子）的top和crd文件的步骤：
1 antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
2 parmchk -i CNT.mol2 -f mol2 -o CNT.frcmod
3 $AMBERHOME/exe/xleap -f  $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff99SB
4 source leaprc.gaff
5 CNT=loadmol2 CNT.mol2
6 loadamberparams CNT.frcmod
7 saveoff CNT cnt.lib
8 saveamberparm CNT CNT.prmtop CNT.inpcrd
在第一步时（ antechamber -i CNT.pdb -fi pdb -o CNT.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
）怎么要那么久呢？花了5天还没完成，大家指点一下啊。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
自学成才
1楼 2012-10-06 10:08:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:47:24
wshzxcc: 金币+5 2012-10-08 16:31:25
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-06 13:05:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:05:21
我确定你是错了 antechamber不需要算电荷的，cnt不带电，只需要用产生键参数即可

谢谢你的指点，那我该怎么做呢？就是去掉第一步只做其他步骤吗？
赞一下 回复此楼
自学成才
3楼2012-10-06 17:05:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wshzxcc

金虫 (小有名气)
问题已解决
回复此楼
自学成才
4楼2012-10-09 14:46:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蠢蠢欲动

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wshzxcc at 2012-10-09 14:46:51
问题已解决

请问如何解决的问题，我在第一步也三四天了，一直没有完成，请赐教.....
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 14:25:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wshzxcc 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭