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amber 非正常残基的制作
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在使用amber12制作非正常残基中，非正常残基在肽段的中间位置：ILE-XXX-LEU 计算出来的参数调入并且进行check，显示都是正常，但是在保存pdb的时候，在XXX的后面出现TER ATOM 966 C12 XXX 63...... ATOM 967 H11 XXX 63...... TER ATOM 968 N LEU 64 .... ATOM 969 H LEU 64 .... 请问为什么会出现TER？我的考虑可能是因为没有成键，故我用bond建立连接，输出的结构依然中间含有TER，求高人指点！ [ Last edited by saabx on 2013-9-13 at 15:11 ] |
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