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maomaopass

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
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注册: 2007-03-31
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专业: 食品科学基础

[求助] NAMD如何模拟在不同压力下蛋白变化？

如题，想使用NAMD模拟在不同压力下蛋白构象的变化。使用NPT系综。是否只需设置langevinPistonTarget参数为目标压力呢，如6000 bar。如果是这样的话，又如何设置1bar到6000bar的升压过程呢？

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1楼 2013-08-23 23:01:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

模拟EPI: 6
应助: 487 (硕士)
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性别: GG
专业: 流体力学
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
maomaopass: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，我来试一试。 2013-08-26 19:18:44

提供一段逐渐升温的办法，逐渐升压，你可以试试类似的方法：

逐步升温按照下面这个改就可以
set temp 0
while { $temp <= $temperature } { ;#
set temp [expr $temp + 10]
langevinTemp $temp
run 10000
}
run 10000

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2楼2013-08-26 14:18:37

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