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maomaopass

金虫 (正式写手)

[求助] NAMD如何模拟在不同压力下蛋白变化?

如题,想使用NAMD模拟在不同压力下蛋白构象的变化。使用NPT系综。是否只需设置langevinPistonTarget参数为目标压力呢,如6000 bar。如果是这样的话,又如何设置1bar到6000bar的升压过程呢?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
maomaopass: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,我来试一试。 2013-08-26 19:18:44
提供一段逐渐升温的办法,逐渐升压,你可以试试类似的方法:



逐步升温按照下面这个改就可以
set temp 0
while { $temp <= $temperature } {  ;#
set temp [expr $temp + 10]
langevinTemp $temp
run 10000
}  
run 10000
2楼2013-08-26 14:18:37
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