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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么做不了位置限制性模拟?

因为普通力场不识别我的直链淀粉pdb结构,所以我用PRODRG自己建了立场,跳过了pdb2gmx这一步,到了pr.mdp这一步时,出现了错误:

library file posre.itp not found in current dir nor in default directories.
(you can set the directories to search with the GMXLIB path variable)

我觉得可能是没有产生posre.itp文件,不知道是不是这个原因,应该怎么解决呢??
求高人指导啊~~~~
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-12-01 08:36:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-01 13:42:53
三木713: 金币+2 2013-12-02 15:25:10
你没有按照教程给出的步骤去做
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/index.html
请参考这个教程来做
2楼2013-11-30 13:11:11
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lisuperyao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-01 13:42:59
你当前的文件夹下没有posre.itp去下一个吧 很快的
3楼2013-12-01 09:24:26
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三木713

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-01 09:24:26
你当前的文件夹下没有posre.itp去下一个吧 很快的

下了啊,可是内容不匹配啊,这不是通用的吧?
4楼2013-12-01 19:11:46
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lisuperyao

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 三木713 at 2013-12-01 19:11:46
下了啊,可是内容不匹配啊,这不是通用的吧?...

我说错了 是写一个 不是下一个
5楼2013-12-01 20:07:28
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三木713

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-01 20:07:28
我说错了 是写一个 不是下一个...

可我们老师说可以能量最小化后直接跑模拟,不用做位置限制性模拟,这到底有没有影响啊?
6楼2013-12-02 08:31:22
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lisuperyao

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 三木713 at 2013-12-02 08:31:22
可我们老师说可以能量最小化后直接跑模拟,不用做位置限制性模拟,这到底有没有影响啊?...

一般来说不是蛋白质也可以不pr
7楼2013-12-02 15:16:08
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三木713

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-02 15:16:08
一般来说不是蛋白质也可以不pr...

哦这样啊,我的不是蛋白质,是淀粉分子,谢谢你啊
8楼2013-12-02 15:24:55
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