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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为什么做不了位置限制性模拟？
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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么做不了位置限制性模拟？

因为普通力场不识别我的直链淀粉pdb结构，所以我用PRODRG自己建了立场，跳过了pdb2gmx这一步，到了pr.mdp这一步时，出现了错误：

library file posre.itp not found in current dir nor in default directories.
(you can set the directories to search with the GMXLIB path variable)

我觉得可能是没有产生posre.itp文件，不知道是不是这个原因，应该怎么解决呢？？
求高人指导啊~~~~
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1楼2013-11-27 19:36:25
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-01 09:24:26
你当前的文件夹下没有posre.itp去下一个吧 很快的

下了啊，可是内容不匹配啊，这不是通用的吧？
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4楼2013-12-01 19:11:46
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-01 20:07:28
我说错了 是写一个 不是下一个...

可我们老师说可以能量最小化后直接跑模拟，不用做位置限制性模拟，这到底有没有影响啊？
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6楼2013-12-02 08:31:22
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-12-02 15:16:08
一般来说不是蛋白质也可以不pr...

哦这样啊，我的不是蛋白质，是淀粉分子，谢谢你啊
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8楼2013-12-02 15:24:55
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