应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » antechamber遇到问题
61/1返回列表
查看: 1150  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小卷xujunli

金虫 (初入文坛)

[求助] antechamber遇到问题

大家好，我做antechamber的教程时遇到这个问题了：antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
后生成一个mopac.out文件 但是我生成的是sqm.out文件请问这是怎么回事呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-24 16:25:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小卷xujunli: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 解决了问题 2013-08-02 13:58:19
这个没有问题吧？说的mopac.out是你参照amber在线教程上面是那么写的吧？而你做出来的是sqm.out，这个是没有问题的。只不过是amber版本不一样，调用的模块不一样而已。不影响结果。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
2楼2013-07-26 13:26:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小卷xujunli: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 答案很准确 2013-08-02 13:58:37
那是两个不同的量化软件的模块，AMBER的新版本都用SQM了，不过也有参数可以选择

我记得官网上面有解释为什么用SQM的，好像是因为SQM可以更好的保证在不同的机器上计算的结果一致
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-26 20:47:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
嗯，好的，我也看见了，谢谢你！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-27 13:48:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-07-26 13:26:16
这个没有问题吧？说的mopac.out是你参照amber在线教程上面是那么写的吧？而你做出来的是sqm.out，这个是没有问题的。只不过是amber版本不一样，调用的模块不一样而已。不影响结果。

嗯，我也刚弄明白，非常感谢！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-27 13:49:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rantingjing

铜虫 (小有名气)
顶一下，很好地回答
回复此楼
ll
6楼2013-08-08 08:37:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小卷xujunli 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +8 zju2000 2026-09-26 9/450 2026-09-29 13:47 by ahsoarli
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 10:26 by JzYBbHIXWSrW
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 5/250 2026-09-29 09:52 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭