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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » antechamber遇到问题
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)

[求助] antechamber遇到问题

大家好，我做antechamber的教程时遇到这个问题了：antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
后生成一个mopac.out文件 但是我生成的是sqm.out文件请问这是怎么回事呢？
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1楼 2013-07-24 16:25:09
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-07-26 13:26:16
这个没有问题吧？说的mopac.out是你参照amber在线教程上面是那么写的吧？而你做出来的是sqm.out，这个是没有问题的。只不过是amber版本不一样，调用的模块不一样而已。不影响结果。

嗯，我也刚弄明白，非常感谢！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-07-27 13:49:13
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小卷xujunli: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 解决了问题 2013-08-02 13:58:19
这个没有问题吧？说的mopac.out是你参照amber在线教程上面是那么写的吧？而你做出来的是sqm.out，这个是没有问题的。只不过是amber版本不一样，调用的模块不一样而已。不影响结果。
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努力的生活着
2楼2013-07-26 13:26:16
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小卷xujunli: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 答案很准确 2013-08-02 13:58:37
那是两个不同的量化软件的模块，AMBER的新版本都用SQM了，不过也有参数可以选择

我记得官网上面有解释为什么用SQM的，好像是因为SQM可以更好的保证在不同的机器上计算的结果一致
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3楼2013-07-26 20:47:30
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
嗯，好的，我也看见了，谢谢你！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-07-27 13:48:17
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