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[求助]
求助VMD里面水的表示。。或者存储rst7的格式。。。
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想要取出来某原子半径15A内的所有水分子和蛋白，然后存储成标准格式的rst7，也就是6F12.7，一行六个坐标两个原子的那个，但是直接存储出来是一行十个坐标，后续处理不方便啊。。。这个有啥办法可以存储成6F12.7的么？ 然后想着，如果不行从头开始，于是想要用VMD的save coordinates来存pdb然后leap再处理， 但是water and within 15.0 of name C， 但是在边缘区域的水分子不完整，只有个H或者只有个O，用leap试图添加缺少的原子但是好像leap或者是咱。。还是不够智能总是失败。。。 编程实在乏力  求助 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
亍寞: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-10-25 14:51:13
亍寞: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-10-25 16:11:29
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-10-29 14:31:29
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VMD 可以的，多一条命令： set sel [atomselect top "water and name OW and within 15.0 of name C"] #这一步选出C 15埃米以内的水分子中的氧原子 set waterID [$sel get resname] #这一步记下上一步选出的水分子的 resid set theWantedWater [atomselect top "water and resid $waterID"] # theWantedWater 就是你所需要的了，这样就没有残缺的情况了 $theWantedWater writepdb theWantedWater.pdb #theWantedWater.pdb 就保存好了，继续你剩下的工作吧 |
2楼2013-10-25 14:16:27
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感谢回复，我之前没用过VMD的命令行方式，不知道为什么最后存出来的pdb是空文件？我输入文件里面水里面的氧，名字是O，于是我把第一条命令中的OW换成O，其他的没有变化，然后执行完了第二条命令之后，终端里面显示了出来了WAT WAT WAT WAT。。。。感觉应该是成功选中了，但是最后出来是空文件，不知怎解？ 顺便想问一下。。。您对VMD源码熟悉么？我想直接去改http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ugin_8c-source.html 这里面的8.3部分改成需要的12.7，但是以前没改过vmd，找了半天也不知道在哪里改。。。 |
3楼2013-10-25 14:51:05
4楼2013-10-25 14:56:07
5楼2013-10-25 15:00:16