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GROMACS做二维多孔石墨烯的MD，求一合适的nvt.mdp参数文件
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| 如题，刚接触GROMACS，做多孔石墨烯的MD。nvt.mdp是照水中溶菌酶例子在网上下载的，好像并不适用于二维的石墨烯。看着mdp注解做了一些改动，感觉还是不对，想求一个适用于石墨烯或者碳纳米管的mdp。 |
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 xuexijisuan |
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【答案】应助回帖
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mdp一般都是根据具体需要自己设定的参数，没有非常大的出入，你需要的话我可以给你一个模板 integrator = md dt = 0.001 nsteps = 20000000 comm_mode = none ;constraints = h-angles nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstlog = 1000 nstenergy = 0 nstxtcout = 1000 nstlist = 1 rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = Cut-off rvdw = 1.0 tcoupl = v-rescale nsttcouple = 1 tc_grps = NOFRZ FRZ tau_t = 0.1 -1 ref_t = 300 0 freezegrps = FRZ freezedim = Y Y Y gen_vel = yes gen_seed = -1 ;energygrps = MOLLE MOLLB SOL ;energygrp_excl = MOLLE MOLLE |
2楼2013-10-17 21:38:31
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