| 查看: 1093 | 回复: 1 | |||
[求助]
GROMACS做二维多孔石墨烯的MD，求一合适的nvt.mdp参数文件
|
| 如题，刚接触GROMACS，做多孔石墨烯的MD。nvt.mdp是照水中溶菌酶例子在网上下载的，好像并不适用于二维的石墨烯。看着mdp注解做了一些改动，感觉还是不对，想求一个适用于石墨烯或者碳纳米管的mdp。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan |
» 猜你喜欢
纳米粒子粒径的测量
已经有5人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有6人回复
-
推荐一本书
已经有8人回复
-
溴的反应液脱色
已经有4人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
mdp一般都是根据具体需要自己设定的参数，没有非常大的出入，你需要的话我可以给你一个模板 integrator = md dt = 0.001 nsteps = 20000000 comm_mode = none ;constraints = h-angles nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstlog = 1000 nstenergy = 0 nstxtcout = 1000 nstlist = 1 rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = Cut-off rvdw = 1.0 tcoupl = v-rescale nsttcouple = 1 tc_grps = NOFRZ FRZ tau_t = 0.1 -1 ref_t = 300 0 freezegrps = FRZ freezedim = Y Y Y gen_vel = yes gen_seed = -1 ;energygrps = MOLLE MOLLB SOL ;energygrp_excl = MOLLE MOLLE |
2楼2013-10-17 21:38:31