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[交流]
增加反应物的浓度加快反应进程,缩短模拟时间
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在做分子模拟的时候,是否可以通过增加反应物的浓度加快反应进程,从而缩短模拟时间? 比如我的分子构象在盐离子溶液中发生变化,是否可以通过增大离子浓度(比试验浓度大一些),从而达到缩短模拟时间的效果? 这样做合理吗?最好有文献这么做过。谢谢! |
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mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 非常感谢您肯定以及有建设性的建议! 2013-09-06 10:38:12
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 非常感谢您肯定以及有建设性的建议! 2013-09-06 10:38:12
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很好的化学思维,你应该大胆你做,你不需要文献证明别人这样干过你才能干,只要你的想法是对的。 建议你在不同离子浓度下模拟分子构象变化的特征时间,然后研究其浓度的依赖性。 不过有两点需要提醒,1,你的模拟体系是非常理想化的,与真实体系可能存在明显差别。所以你说的在“提高浓度”这句话隐含了你要在实验浓度基础上提高浓度,但那个所谓的实验浓度和模拟的浓度,其体系的行为可能并不对应,即所谓系统性误差是可能存在的,因此用模拟研究浓度依赖性就很必要。2.注意模拟的体系也存在一个溶解度的问题。当你搭建的盒子里的浓度超过溶解度,跑npt的话,盒子可能会爆掉,跑nvt的话,体系势能压力会出现奇怪的大幅波动。 最后,你还可以尝试改变温度来加速分子构象的变化。 |
3楼2013-09-06 02:36:28
4楼2013-09-06 11:07:37
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2013-09-04 22:55
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mengsk(金币+1): 谢谢参与














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