应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 增加反应物的浓度加快反应进程，缩短模拟时间
51/1返回列表
查看: 677  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] 增加反应物的浓度加快反应进程，缩短模拟时间

在做分子模拟的时候，是否可以通过增加反应物的浓度加快反应进程，从而缩短模拟时间？
比如我的分子构象在盐离子溶液中发生变化，是否可以通过增大离子浓度（比试验浓度大一些），从而达到缩短模拟时间的效果？
这样做合理吗？最好有文献这么做过。谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-09-04 13:10:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)
★
mengsk(金币+1): 谢谢参与

我只说自己了解的
分子模拟方面模拟化学反应的是有个reaxff力场，但是我没用过；建模方面就是体系里面可以添加分子改变浓度。但是reaxff是不是和浓度有关就不知道了

化工流程类模拟软件【aspen等】应该可以研究浓度与反应速率关系
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-06 11:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 非常感谢您肯定以及有建设性的建议！ 2013-09-06 10:38:12
很好的化学思维，你应该大胆你做，你不需要文献证明别人这样干过你才能干，只要你的想法是对的。
建议你在不同离子浓度下模拟分子构象变化的特征时间，然后研究其浓度的依赖性。
不过有两点需要提醒，1,你的模拟体系是非常理想化的，与真实体系可能存在明显差别。所以你说的在“提高浓度”这句话隐含了你要在实验浓度基础上提高浓度，但那个所谓的实验浓度和模拟的浓度，其体系的行为可能并不对应，即所谓系统性误差是可能存在的，因此用模拟研究浓度依赖性就很必要。2.注意模拟的体系也存在一个溶解度的问题。当你搭建的盒子里的浓度超过溶解度，跑npt的话，盒子可能会爆掉，跑nvt的话，体系势能压力会出现奇怪的大幅波动。
最后，你还可以尝试改变温度来加速分子构象的变化。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-09-06 02:36:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭