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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 增加反应物的浓度加快反应进程，缩短模拟时间
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mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] 增加反应物的浓度加快反应进程，缩短模拟时间

在做分子模拟的时候，是否可以通过增加反应物的浓度加快反应进程，从而缩短模拟时间？
比如我的分子构象在盐离子溶液中发生变化，是否可以通过增大离子浓度（比试验浓度大一些），从而达到缩短模拟时间的效果？
这样做合理吗？最好有文献这么做过。谢谢！
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1楼 2013-09-04 13:10:56
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pigrass

专家顾问 (著名写手)
★
mengsk(金币+1): 谢谢参与

我只说自己了解的
分子模拟方面模拟化学反应的是有个reaxff力场，但是我没用过；建模方面就是体系里面可以添加分子改变浓度。但是reaxff是不是和浓度有关就不知道了

化工流程类模拟软件【aspen等】应该可以研究浓度与反应速率关系
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4楼2013-09-06 11:07:37
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 非常感谢您肯定以及有建设性的建议！ 2013-09-06 10:38:12
很好的化学思维，你应该大胆你做，你不需要文献证明别人这样干过你才能干，只要你的想法是对的。
建议你在不同离子浓度下模拟分子构象变化的特征时间，然后研究其浓度的依赖性。
不过有两点需要提醒，1,你的模拟体系是非常理想化的，与真实体系可能存在明显差别。所以你说的在“提高浓度”这句话隐含了你要在实验浓度基础上提高浓度，但那个所谓的实验浓度和模拟的浓度，其体系的行为可能并不对应，即所谓系统性误差是可能存在的，因此用模拟研究浓度依赖性就很必要。2.注意模拟的体系也存在一个溶解度的问题。当你搭建的盒子里的浓度超过溶解度，跑npt的话，盒子可能会爆掉，跑nvt的话，体系势能压力会出现奇怪的大幅波动。
最后，你还可以尝试改变温度来加速分子构象的变化。
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3楼2013-09-06 02:36:28
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