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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 模拟第一步就出了问题，说是残基有问题，求大神帮忙看看是哪出了问题、、急急急！！！

本人是做分子模拟淀粉老化机理的，我先用MS的build建了50个葡萄糖单元的直链淀粉、然后用discover优化、保存为pdb格式文件，内容部分如下：
ATOM      1  C   14A P   1       8.407   4.105  -7.097  1.00  0.00           C   
ATOM      2  HC  14A P   1       9.232   3.388  -7.276  1.00  0.00           H   
ATOM      3  O   14A P   1       7.466   3.570  -6.145  1.00  0.00           O   
ATOM      4  C1  14A P   1       6.966   2.265  -6.409  1.00  0.00           C   
ATOM      5  H12 14A P   1       7.806   1.542  -6.475  1.00  0.00           H   
ATOM      6  C2  14A P   1       6.229   2.282  -7.764  1.00  0.00           C   
ATOM      7  H2  14A P   1       5.337   2.930  -7.649  1.00  0.00           H   
ATOM      8  O3  14A P   1       5.788   0.959  -8.108  1.00  0.00           O   
ATOM      9  HO3 14A P   1       5.534   1.054  -9.044  1.00  0.00           H   
ATOM     10  C3  14A P   1       7.106   2.907  -8.868  1.00  0.00           C   
ATOM     11  H3  14A P   1       7.972   2.233  -9.038  1.00  0.00           H   
ATOM     12  O4  14A P   1       6.309   2.910 -10.059  1.00  0.00           O   
ATOM     13  HO4 14A P   1       6.676   3.579 -10.660  1.00  0.00           H   
ATOM     14  C4  14A P   1       7.685   4.299  -8.475  1.00  0.00           C   
ATOM     15  H4  14A P   1       6.832   4.987  -8.320  1.00  0.00           H   
ATOM     16  O5  14A P   1       8.459   4.714  -9.619  1.00  0.00           O   
ATOM     17  C5  14A P   1       9.009   5.281  -6.278  1.00  0.00           C   
ATOM     18  H51 14A P   1       9.450   4.837  -5.369  1.00  0.00           H   
ATOM     19  O1  14A P   1      10.017   6.092  -6.859  1.00  0.00           O   
ATOM     20  H1  14A P   1       9.520   6.812  -7.277  1.00  0.00           H   
ATOM     21  H52 14A P   1       8.182   5.930  -5.935  1.00  0.00           H   
ATOM     22  O   14A P   1       6.151   1.929  -5.293  1.00  0.00           O   
ATOM     23  C   14A P   1       8.604   6.224 -12.245  1.00  0.00           C   
ATOM     24  HC  14A P   1       8.015   5.293 -12.339  1.00  0.00           H   
ATOM     25  O   14A P   1       9.550   6.092 -11.157  1.00  0.00           O  

然后用gromacs模拟第一步产生top文件，选择的是OPLS-AA全原子力场，在模拟的第一步，就出现了问题、、

residue ‘14A ’ not found in residue topology database.

是我优化出了问题？还是力场选择除了问题？应该怎么解决呢？
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1楼 2013-11-04 09:57:48
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-04 13:30:31
三木713: 金币+4, ★★★很有帮助 2013-11-04 14:15:59
对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程：
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/index.html
这个就是利用GROMACS软件，对ligand+protein的复合物体系进行动力学模拟的实例。其中对于小分子力场参数构建的方法，可以参考。
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努力的生活着
2楼2013-11-04 12:51:23
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-04 12:51:23
对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程：
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
这个就是利用GROMACS软 ...

太感谢你了、我先研究研究、不懂的再问你啊
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3楼2013-11-04 14:16:02
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-04 12:51:23
对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程：
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
这个就是利用GROMACS软 ...

我看了看你发给我的教程，可我做的不是复合物，就只是一条单独的直链淀粉，，是力场不识别的原因么？要怎么解决呢？
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4楼2013-11-06 15:02:20
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-10 14:33:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 三木713 at 2013-11-06 15:02:20
我看了看你发给我的教程，可我做的不是复合物，就只是一条单独的直链淀粉，，是力场不识别的原因么？要怎么解决呢？...

去找葡萄糖的力场参数
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5楼2013-11-10 13:11:53
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fmtzhangli at 2013-11-10 13:11:53
去找葡萄糖的力场参数...

在哪找呢？应该选什么力场呢？怎么添加进去呢？不好意思啊，是新手所以什么也不懂啊、、、
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6楼2013-11-11 08:44:57
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