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三木713

新虫 (小有名气)

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[求助] 模拟第一步就出了问题，说是残基有问题，求大神帮忙看看是哪出了问题、、急急急！！！

本人是做分子模拟淀粉老化机理的，我先用MS的build建了50个葡萄糖单元的直链淀粉、然后用discover优化、保存为pdb格式文件，内容部分如下：
ATOM    1  C 14A P 1    8.407 4.105  -7.097  1.00  0.00          C
ATOM    2  HC  14A P 1    9.232 3.388  -7.276  1.00  0.00          H
ATOM    3  O 14A P 1    7.466 3.570  -6.145  1.00  0.00          O
ATOM    4  C1  14A P 1    6.966 2.265  -6.409  1.00  0.00          C
ATOM    5  H12 14A P 1    7.806 1.542  -6.475  1.00  0.00          H
ATOM    6  C2  14A P 1    6.229 2.282  -7.764  1.00  0.00          C
ATOM    7  H2  14A P 1    5.337 2.930  -7.649  1.00  0.00          H
ATOM    8  O3  14A P 1    5.788 0.959  -8.108  1.00  0.00          O
ATOM    9  HO3 14A P 1    5.534 1.054  -9.044  1.00  0.00          H
ATOM    10  C3  14A P 1    7.106 2.907  -8.868  1.00  0.00          C
ATOM    11  H3  14A P 1    7.972 2.233  -9.038  1.00  0.00          H
ATOM    12  O4  14A P 1    6.309 2.910 -10.059  1.00  0.00          O
ATOM    13  HO4 14A P 1    6.676 3.579 -10.660  1.00  0.00          H
ATOM    14  C4  14A P 1    7.685 4.299  -8.475  1.00  0.00          C
ATOM    15  H4  14A P 1    6.832 4.987  -8.320  1.00  0.00          H
ATOM    16  O5  14A P 1    8.459 4.714  -9.619  1.00  0.00          O
ATOM    17  C5  14A P 1    9.009 5.281  -6.278  1.00  0.00          C
ATOM    18  H51 14A P 1    9.450 4.837  -5.369  1.00  0.00          H
ATOM    19  O1  14A P 1    10.017 6.092  -6.859  1.00  0.00          O
ATOM    20  H1  14A P 1    9.520 6.812  -7.277  1.00  0.00          H
ATOM    21  H52 14A P 1    8.182 5.930  -5.935  1.00  0.00          H
ATOM    22  O 14A P 1    6.151 1.929  -5.293  1.00  0.00          O
ATOM    23  C 14A P 1    8.604 6.224 -12.245  1.00  0.00          C
ATOM    24  HC  14A P 1    8.015 5.293 -12.339  1.00  0.00          H
ATOM    25  O 14A P 1    9.550 6.092 -11.157  1.00  0.00          O

然后用gromacs模拟第一步产生top文件，选择的是OPLS-AA全原子力场，在模拟的第一步，就出现了问题、、

residue ‘14A ’ not found in residue topology database.

是我优化出了问题？还是力场选择除了问题？应该怎么解决呢？

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1楼2013-11-04 09:57:48

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三木713

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专业: 食品科学基础

引用回帖:

2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-11-04 12:51:23
对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程：
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
这个就是利用GROMACS软 ...

太感谢你了、我先研究研究、不懂的再问你啊

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3楼2013-11-04 14:16:02

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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-04 13:30:31
三木713: 金币+4, ★★★很有帮助 2013-11-04 14:15:59

对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程：
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/index.html
这个就是利用GROMACS软件，对ligand+protein的复合物体系进行动力学模拟的实例。其中对于小分子力场参数构建的方法，可以参考。

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