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模拟第一步就出了问题，说是残基有问题，求大神帮忙看看是哪出了问题、、急急急！！！
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本人是做分子模拟淀粉老化机理的，我先用MS的build建了50个葡萄糖单元的直链淀粉、然后用discover优化、保存为pdb格式文件，内容部分如下： ATOM 1 C 14A P 1 8.407 4.105 -7.097 1.00 0.00 C ATOM 2 HC 14A P 1 9.232 3.388 -7.276 1.00 0.00 H ATOM 3 O 14A P 1 7.466 3.570 -6.145 1.00 0.00 O ATOM 4 C1 14A P 1 6.966 2.265 -6.409 1.00 0.00 C ATOM 5 H12 14A P 1 7.806 1.542 -6.475 1.00 0.00 H ATOM 6 C2 14A P 1 6.229 2.282 -7.764 1.00 0.00 C ATOM 7 H2 14A P 1 5.337 2.930 -7.649 1.00 0.00 H ATOM 8 O3 14A P 1 5.788 0.959 -8.108 1.00 0.00 O ATOM 9 HO3 14A P 1 5.534 1.054 -9.044 1.00 0.00 H ATOM 10 C3 14A P 1 7.106 2.907 -8.868 1.00 0.00 C ATOM 11 H3 14A P 1 7.972 2.233 -9.038 1.00 0.00 H ATOM 12 O4 14A P 1 6.309 2.910 -10.059 1.00 0.00 O ATOM 13 HO4 14A P 1 6.676 3.579 -10.660 1.00 0.00 H ATOM 14 C4 14A P 1 7.685 4.299 -8.475 1.00 0.00 C ATOM 15 H4 14A P 1 6.832 4.987 -8.320 1.00 0.00 H ATOM 16 O5 14A P 1 8.459 4.714 -9.619 1.00 0.00 O ATOM 17 C5 14A P 1 9.009 5.281 -6.278 1.00 0.00 C ATOM 18 H51 14A P 1 9.450 4.837 -5.369 1.00 0.00 H ATOM 19 O1 14A P 1 10.017 6.092 -6.859 1.00 0.00 O ATOM 20 H1 14A P 1 9.520 6.812 -7.277 1.00 0.00 H ATOM 21 H52 14A P 1 8.182 5.930 -5.935 1.00 0.00 H ATOM 22 O 14A P 1 6.151 1.929 -5.293 1.00 0.00 O ATOM 23 C 14A P 1 8.604 6.224 -12.245 1.00 0.00 C ATOM 24 HC 14A P 1 8.015 5.293 -12.339 1.00 0.00 H ATOM 25 O 14A P 1 9.550 6.092 -11.157 1.00 0.00 O 然后用gromacs模拟第一步产生top文件，选择的是OPLS-AA全原子力场，在模拟的第一步，就出现了问题、、 residue ‘14A ’ not found in residue topology database. 是我优化出了问题？还是力场选择除了问题？应该怎么解决呢？ |
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对于这种自己构建的模型，要进行动力学模拟的话，是要进行力场参数的构建的。参看这个教程： http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/index.html 这个就是利用GROMACS软件，对ligand+protein的复合物体系进行动力学模拟的实例。其中对于小分子力场参数构建的方法，可以参考。 |
2楼2013-11-04 12:51:23
3楼2013-11-04 14:16:02
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