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【求助求助】有关md.mdp文件的设置问题~~~
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我想模拟淀粉老化的过程，分为三个过程： 1.先从293k--373k 1ps 2.再373k 1ps 3.最后373k--277k 15ps 这三个温度设置是放在一个md.mdp文件里？还是放在三个md.mdp文件里？然后连续分子模拟三次？ 该如何设置呢？ 这样： tau_t = 1 1 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 293 373 ；热浴的参考温度 tau_t = 1 1 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 373 373 ；热浴的参考温度 tau_t = 15 15 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 373 277 ；热浴的参考温度 我这样设置对么？求高人指教啊！！！！ 再加一个问题： 我想模拟含量5%的直链淀粉溶液，已知盒子大小为472nm3，我模拟的是10个葡萄糖单元的直链淀粉，已知分子量是1638g/mol，不知道密度，这该怎么计算啊？ |
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lz设置的完全不对 说明你没有理解清楚这些参数的意思 你最好看看手册的Simulated annealing 和Temperature coupling 两部分内容 先看概念 再看设置 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=30487 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=16694 给你两个参考 |
2楼2013-11-22 10:03:35
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