| 查看: 1382 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
【求助求助】有关md.mdp文件的设置问题~~~
|
||
|
我想模拟淀粉老化的过程，分为三个过程： 1.先从293k--373k 1ps 2.再373k 1ps 3.最后373k--277k 15ps 这三个温度设置是放在一个md.mdp文件里？还是放在三个md.mdp文件里？然后连续分子模拟三次？ 该如何设置呢？ 这样： tau_t = 1 1 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 293 373 ；热浴的参考温度 tau_t = 1 1 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 373 373 ；热浴的参考温度 tau_t = 15 15 ；热浴时间常数（ps） ref_t = 373 277 ；热浴的参考温度 我这样设置对么？求高人指教啊！！！！ 再加一个问题： 我想模拟含量5%的直链淀粉溶液，已知盒子大小为472nm3，我模拟的是10个葡萄糖单元的直链淀粉，已知分子量是1638g/mol，不知道密度，这该怎么计算啊？ |
回复此楼» 猜你喜欢
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有12人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有13人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有15人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- 请问Gaussian09（Linux）的默认设置文件default.rou在哪里？如何默认设置？
已经有3人回复
- 局域网文件共享权限设置问题
已经有2人回复
- fluent将case设置保存到不同的mesh文件下
已经有11人回复
- 关于fluent设置点怎么保存的，用于其他文件。
已经有13人回复
- W7如何设置IE下载的文件默认存放的文件夹？
已经有3人回复
- 无法设置MERCURY程序作为打开CIF文件的默认程序
已经有10人回复
- 【求助】vasp计算Y2TIO7烧绿石 我设置的输入文件 vasp却不能读入！请高手帮助！
已经有5人回复
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2013-11-25 17:35:11
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:31:00
三木713: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-11-22 17:21:38
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:31:00
三木713: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-11-22 17:21:38
|
lz设置的完全不对 说明你没有理解清楚这些参数的意思 你最好看看手册的Simulated annealing 和Temperature coupling 两部分内容 先看概念 再看设置 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=30487 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=16694 给你两个参考 |
2楼2013-11-22 10:03:35
3楼2013-11-22 17:21:53
4楼2013-11-23 11:15:18
30