| 查看: 1597 | 回复: 2 | |||
转基因猴子木虫 (正式写手)
|
[求助]
如何在蛋白PDB文件中加上相应钙离子？
|
| 我要通过gromacs对我的酶进行模拟，通过swiss-model同源建模出来的PDB文件里面不包含与我所需要的酶结构结合的一个钙离子，这个钙离子呢又对我的酶性质有很大影响。所以说我需要将这个钙离子做到PDB文档蛋白的相应位置？请教各位，这个如何实现？通过chemoffice制作再autodock？还是在模拟过程中可以加入这个钙离子？紧急求助呀！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜欢
272分材料子求调剂
已经有36人回复
-
275求调剂
已经有8人回复
-
调剂求收留
已经有5人回复
-
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有20人回复
-
070300化学学硕311分求调剂
已经有19人回复
-
材料与化工调剂
已经有13人回复
-
材料与化工调剂
已经有33人回复
-
复试调剂
已经有7人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有17人回复
-
还有化工二轮调剂的学校吗
已经有47人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？
已经有9人回复
- 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
已经有3人回复
- 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
已经有14人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
转基因猴子: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
感谢参与，应助指数 +1
转基因猴子: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
|
你就需要“一个钙离子”吗？ 这个很简单，你可以用VMD 建立一个原子，然后赋予钙离子的性质，在VMD 中把钙离子移动到合适的位置，再保存成PDB 文件即可， 然后关键的是在你的 top 文件中正确的定义和引用即可。 在gromacs模拟中如果PDB 文件和top文件的内容不一致的时候，以top文件为准的。 比如在 gromacs-4.5.4\share\top\charmm27.ff 文件夹内的 ions.itp 就有钙离子，正确引用即可 |
2楼2013-09-12 21:35:42
转基因猴子
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 3791.5
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 784
- 在线: 277.7小时
- 虫号: 450786
- 注册: 2007-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2013-09-13 14:40:06
10