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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何在蛋白PDB文件中加上相应钙离子？
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 如何在蛋白PDB文件中加上相应钙离子？

我要通过gromacs对我的酶进行模拟，通过swiss-model同源建模出来的PDB文件里面不包含与我所需要的酶结构结合的一个钙离子，这个钙离子呢又对我的酶性质有很大影响。所以说我需要将这个钙离子做到PDB文档蛋白的相应位置？请教各位，这个如何实现？通过chemoffice制作再autodock？还是在模拟过程中可以加入这个钙离子？紧急求助呀！
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我还年轻，我要上路！
1楼 2013-09-12 12:31:59
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
转基因猴子: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-13 08:37:19
你就需要“一个钙离子”吗？
这个很简单，你可以用VMD 建立一个原子，然后赋予钙离子的性质，在VMD 中把钙离子移动到合适的位置，再保存成PDB 文件即可，

然后关键的是在你的 top 文件中正确的定义和引用即可。

在gromacs模拟中如果PDB 文件和top文件的内容不一致的时候，以top文件为准的。

比如在 gromacs-4.5.4\share\top\charmm27.ff 文件夹内的 ions.itp 就有钙离子，正确引用即可
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2楼2013-09-12 21:35:42
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-12 21:35:42
你就需要“一个钙离子”吗？
这个很简单，你可以用VMD 建立一个原子，然后赋予钙离子的性质，在VMD 中把钙离子移动到合适的位置，再保存成PDB 文件即可，

然后关键的是在你的 top 文件中正确的定义和引用即可。 ...

麻烦在问一下，VMD中如何建立原子呀？
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我还年轻，我要上路！
3楼2013-09-13 14:40:06
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