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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何生成vesicle的结构
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wj925806

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何生成vesicle的结构

我现在做关于vesicle的模拟，希望生成一个大一些的vesicle，比如直径在24nm大小，请问大家有什么方法？如果是coarse grained 就更好了。会不会需要自组装一个？向大家多多请教啊，看有什么好的方法？
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1楼 2013-11-15 18:06:14
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-16 13:35:21
wj925806: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-11-17 22:32:40
wj925806: 金币+5, ★有帮助 2013-11-17 22:34:38
体系初始构象就摆成囊泡的样子，开始模拟，直至平衡到囊泡的结构
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2楼2013-11-15 19:09:59
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-15 19:09:59
体系初始构象就摆成囊泡的样子，开始模拟，直至平衡到囊泡的结构

你的意思是我先通过程序生成大致的lipids的位置，然后做平衡模拟，不知道有没有更方便的办法？毕竟编程生成这样的初始结构也比较费时的
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3楼2013-11-17 19:59:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-18 08:18:30
1、martini 官网上好像就有一个这样的结构。
2、你先建立一个单层膜，建立模拟盒子，亲水端少加一些水，然后压缩体系，就能生成了。我曾经模拟单层膜的时候，就因为这个原因，形成了vesicle 结构，这对于我来说，当然是不符合要求的。后来再模拟的时候，多加些水，就得到了正常的单层膜体系。

you can try it yourself, good luck!
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4楼2013-11-17 20:08:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wj925806: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-17 22:32:18
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-18 08:18:37
引用回帖:
3楼: Originally posted by wj925806 at 2013-11-17 19:59:22
你的意思是我先通过程序生成大致的lipids的位置，然后做平衡模拟，不知道有没有更方便的办法？毕竟编程生成这样的初始结构也比较费时的...

你可以尝试使用packmol 把lipid分子大致的排成囊泡结构，然后再加水平衡模拟，这样也许会快一些。
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5楼2013-11-17 20:28:04
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wj925806 at 2013-11-17 19:59:22
你的意思是我先通过程序生成大致的lipids的位置，然后做平衡模拟，不知道有没有更方便的办法？毕竟编程生成这样的初始结构也比较费时的...

这为什么费时？
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6楼2013-11-17 22:03:34
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-17 22:03:34
这为什么费时？...

你是说像三楼提高到使用packmol来分布lipids，对吧？我VMD脚本用的比较少，不太熟，我想着用matlab编程来实现，这样就比较费时了。谢谢你的提点啊！
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7楼2013-11-17 22:29:52
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-11-17 20:28:04
你可以尝试使用packmol 把lipid分子大致的排成囊泡结构，然后再加水平衡模拟，这样也许会快一些。...

谢谢你的建议，我试一试！
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8楼2013-11-17 22:31:39
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