应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 石墨烯结构文件的生成
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 3723  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子，有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件，应该怎样实现呢！？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-18 20:44:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小，来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢？
貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模拟的参数文件吧。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-19 08:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-19 11:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-19 13:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
大牛！！！！
回复此楼
5楼2012-02-19 14:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wx19861027

金虫 (小有名气)
学习一下
回复此楼
认认真真做事 踏踏实实做人
6楼2012-02-19 20:08:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 13:33:30
那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可 ...

为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-08 10:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-08 19:09:18
引用回帖:
7楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 10:22:59
为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？...

你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有



[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-7-8 at 10:42 ]
赞一下 回复此楼
8楼2012-07-08 10:41:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-08 10:41:31
你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有

db/97/1108016_1341715352_508.jpg
...

难怪呢，我的1.86的
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-08 14:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 14:14:25
难怪呢，我的1.86的...

呵呵，该更新了，去官网下个最新的吧，反正是免费的
赞一下 回复此楼
10楼2012-07-08 14:37:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tianxingling 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +4 张zic 2026-04-05 5/250 2026-04-05 20:36 by 南航~万老师
[考研] 求调剂求调剂 +8 121. 2026-04-02 8/400 2026-04-05 20:15 by lys0704
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 工科08专硕机械275求调剂 +3 AaAa7420 2026-04-02 3/150 2026-04-05 13:26 by jp9609
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 环境285分，过六级，求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 342求调剂 +3 Liang7111 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:47 by dongzh2009
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突， 2026-03-31 4/200 2026-04-04 13:34 by 1753564080
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 293求调剂 +5 末未mm 2026-04-02 6/300 2026-04-03 15:20 by 王保杰33
[考研] 273求调剂 +20 李芷新1 2026-03-31 20/1000 2026-04-03 09:58 by linyelide
[考研] 0856材料与化工调剂，339 +14 10213207 2026-03-31 14/700 2026-04-02 21:01 by 1104338198
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:52 by yulian1987
[考研] 生物学327，求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 土木304求调剂 +5 顶级擦擦 2026-03-31 5/250 2026-04-01 08:15 by fdcxdystjk￥
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭