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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 石墨烯结构文件的生成
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tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子，有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件，应该怎样实现呢！？
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1楼 2012-02-18 20:44:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
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chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小，来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢？
貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模拟的参数文件吧。
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2楼2012-02-19 08:29:40
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tianxingling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈
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3楼2012-02-19 11:31:17
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
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chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
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4楼2012-02-19 13:33:30
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水影恋镜

新虫 (小有名气)
大牛！！！！
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5楼2012-02-19 14:42:42
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wx19861027

金虫 (小有名气)
学习一下
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认认真真做事 踏踏实实做人
6楼2012-02-19 20:08:10
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水影恋镜

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 13:33:30
那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可 ...

为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？
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7楼2012-07-08 10:22:59
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-08 19:09:18
引用回帖:
7楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 10:22:59
为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？...

你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有



[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-7-8 at 10:42 ]
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8楼2012-07-08 10:41:31
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水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-08 10:41:31
你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有

db/97/1108016_1341715352_508.jpg
...

难怪呢，我的1.86的
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9楼2012-07-08 14:14:25
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jiaoyixiong

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引用回帖:
9楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 14:14:25
难怪呢，我的1.86的...

呵呵，该更新了，去官网下个最新的吧，反正是免费的
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10楼2012-07-08 14:37:21
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