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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】准确的建石墨烯结构的方法
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baoyan

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】准确的建石墨烯结构的方法已有18人参与

诚心向各位高手请教：在ms里怎么准确的建石墨烯的结构。
之前本人是在结构库里导出graphite的结构，通过buide-symmetry-make p1，剪掉一层结构，剩下的那一层就认为是石墨烯的结构了，之后就通过supercell的方式来增加原子个数。接着就进行结构优化，刚开始还能收敛，之后出现不收敛的情况。在考虑是不是结构出现了问题。

在网上找过一些资料，他们讲是这样见结构的：
（1）从MaterialsStudio 中graphite， 把层间距拉长。这样就能得到graphene.

（2） 先导入石墨（陶瓷文件里有），然后build---surface cleave,此时注意hkl的选取以及uv的方向的选取；然后点击确定即可。 加真空层的厚度，在BUILD--CRYSTAL 有vacumm选项，注意厚度的选择，一般大于15。 然后做超胞即可，superwell选项。

（3）导入graphite （in the  file of  structure-ceramics ), 然后build -Symmetry-make P1. 然后切掉中间一层。然后切掉其中一层，将剩下的一层移到c轴中间附近。
bulid-Symmetry-find symmetry-impose symmetry。 这样就得到了 honeycomb lattice primitive cell。
如果需要大片结构，可以用bulid - symmetry - Surpercell 来构建。。。得到菱形格子。
如果需要正交格子，将primitive cell 通过supercell  2*2 然后，然后留下立方格子的4个原子，其他切掉。重新构建晶格，build-rebuild 晶格参数，a=4.26， b=2.46 ，c=15。（通过几何换算得出，或者又构型量出） 角度全为90度。如果需要更大体系，同菱形，用supercell创建 。

请问在做石墨烯的高手，是怎么建石墨烯结构的。对于第二种方法是正确的话，hkl及uv要怎么选取？谢谢各位指教！
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1楼2010-10-19 17:05:58
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水座

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
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bingmou(金币+1):感谢参与 2010-10-19 21:16:25
你的方法和第三种是一样的。这几种应该都行。不收敛的问题应该不是结构的问题。
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2楼2010-10-19 20:30:02
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newton3915

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
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aylayl08(金币+1):感谢交流 2010-10-20 18:37:33
我也是这么做的，同样不能收敛，而且我优化石墨的结构都不能收敛，不知道为什么哦，望高手解决。
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3楼2010-10-20 08:17:21
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
★ ★
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aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-10-20 18:37:21
基本原理，就是一层石墨，上下都有足够大的真空层

这几种方法都可以，不过我个人比较喜欢第二种切的
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快乐科研，快乐生活。
4楼2010-10-20 09:29:26
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baoyan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by chimegreen at 2010-10-20 09:29:26:
基本原理，就是一层石墨，上下都有足够大的真空层

这几种方法都可以，不过我个人比较喜欢第二种切的

你好，那请问你用第二种方法切出来能收敛吗？你的h k l 和 u v 设为多少呢？谢谢你！
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5楼2010-10-20 09:45:14
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by baoyan at 2010-10-20 09:45:14:




你好，那请问你用第二种方法切出来能收敛吗？你的h k l 和 u v 设为多少呢？谢谢你！

hkl，uv是什么？
水平有限
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快乐科研，快乐生活。
6楼2010-10-20 10:43:03
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-10-22 08:17:45
引用回帖:
Originally posted by baoyan at 2010-10-20 09:45:14:




你好，那请问你用第二种方法切出来能收敛吗？你的h k l 和 u v 设为多少呢？谢谢你！

单纯的石墨收敛没有问题，如果石墨烯上再吸附些过渡金属的情况，会有不收敛的现象
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快乐科研，快乐生活。
7楼2010-10-20 10:44:51
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baoyan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by chimegreen at 2010-10-20 10:44:51:

单纯的石墨收敛没有问题，如果石墨烯上再吸附些过渡金属的情况，会有不收敛的现象

你好，你优化单纯的石墨烯都能收敛？碳原子个数不同的模型都能收敛吗？我之前优化（3 3 1）晶胞的纯石墨烯可以收敛，增加碳原子为（4 4 1）的，参数设置都不变，但不能收敛了。
请问你的k网格点选择为多少？我选1*1*10进行积分计算，增加碳原子个数后，我还是用这个值。问下，碳原子个数增多的话，你的k网格点有没有变成其他值？谢谢！
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8楼2010-10-21 15:58:50
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-10-22 08:17:58
引用回帖:
Originally posted by baoyan at 2010-10-21 15:58:50:



你好，你优化单纯的石墨烯都能收敛？碳原子个数不同的模型都能收敛吗？我之前优化（3 3 1）晶胞的纯石墨烯可以收敛，增加碳原子为（4 4 1）的，参数设置都不变，但不能收敛了。
请问你的k网格点选择为多少 ...

个人觉得，这个体系，应该好多文献都做的很详尽了，你看看别人怎么设置的，什么方法，k点的取值一般都有，对一个做的很详尽的体系的重复工作，不应该花太多时间在这上面。不收敛，调调smearing或限制对称性等
祝你好运
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快乐科研，快乐生活。
9楼2010-10-21 18:58:58
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wanders

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
学习了,说不定就能用到
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10楼2010-10-21 19:06:12
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