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tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子,有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件,应该怎样实现呢!?
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tianxingling

金虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过,根据我看过的一个论文:ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ,System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者,请问如何生成又如何复制呢?谢谢!
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状,比较方便哈
3楼2012-02-19 11:31:17
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过,根据我看过的一个论文:ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ,System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小,来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢?
貌似VMD就能直接生成啊,最重要的是得到模拟的参数文件吧。
2楼2012-02-19 08:29:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者,请问如何生成又如何复制呢?谢谢!
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状,比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模,更方便,步奏:
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ,Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
4楼2012-02-19 13:33:30
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水影恋镜

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 13:33:30
那建议直接使用VMD来建模,更方便,步奏:
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ,Box dimension 就可 ...

为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊?
7楼2012-07-08 10:22:59
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