应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 石墨烯结构文件的生成
101/1返回列表
查看: 3654  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子，有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件，应该怎样实现呢！？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-18 20:44:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小，来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢？
貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模拟的参数文件吧。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-19 08:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-19 11:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-19 13:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
大牛！！！！
回复此楼
5楼2012-02-19 14:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wx19861027

金虫 (小有名气)
学习一下
回复此楼
认认真真做事 踏踏实实做人
6楼2012-02-19 20:08:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 13:33:30
那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可 ...

为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-08 10:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-08 19:09:18
引用回帖:
7楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 10:22:59
为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？...

你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有



[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-7-8 at 10:42 ]
赞一下 回复此楼
8楼2012-07-08 10:41:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-08 10:41:31
你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有

db/97/1108016_1341715352_508.jpg
...

难怪呢，我的1.86的
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-08 14:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 水影恋镜 at 2012-07-08 14:14:25
难怪呢，我的1.86的...

呵呵，该更新了，去官网下个最新的吧，反正是免费的
赞一下 回复此楼
10楼2012-07-08 14:37:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tianxingling 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-16 3/150 2026-03-16 10:07 by 求调剂zz
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分，求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 08食品或轻工求调剂，本科发表3篇sci一区top论文，一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵， 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭