应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 石墨烯结构文件的生成
51/1返回列表
查看: 3664  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子，有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件，应该怎样实现呢！？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-18 20:44:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 13:33:30
那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可 ...

为什么在Modeling里没找到Inorganic Builder啊？
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-08 10:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小，来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢？
貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模拟的参数文件吧。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-19 08:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-19 11:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-19 13:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-13 5/250 2026-03-17 10:15 by Sammy2
[考研] 268求调剂 +5 好运连绵不绝 2026-03-12 5/250 2026-03-17 10:12 by Sammy2
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 材料与化工求调剂 +3 为学666 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:09 by 加号+
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭