应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 石墨烯结构文件的生成
51/1返回列表
查看: 3733  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)

[交流] 石墨烯结构文件的生成 已有3人参与

看了一些帖子，有不同的方法来建立石墨烯模型
我想利用编程的方式来生成石墨烯的gro结构文件，应该怎样实现呢！？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-18 20:44:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-08 10:41:31
你用的是什么版本的啊？
我的1.87，这以后的版本都有

db/97/1108016_1341715352_508.jpg
...

难怪呢，我的1.86的
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-08 14:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:15:48
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石墨烯碳原子的坐标位置。
再根据你所需要的大小，来复制扩展到满意的大小。

PS  干嘛还要自己编程写呢？
貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模拟的参数文件吧。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-19 08:29:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianxingling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-19 08:29:40:
我没有做过，根据我看过的一个论文：ACS nano  《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup  部分就有石墨烯的晶格参数。根据这些晶格参数来生成一个单元中每个石 ...

初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-19 11:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-02-20 09:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by tianxingling at 2012-02-19 11:31:17:
初级学习者，请问如何生成又如何复制呢？谢谢！
我想的是自己编程能直接生成自己想到的大小和形状，比较方便哈

那建议直接使用VMD来建模，更方便,步奏：
Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一栏里选择 Graphite ，Box dimension 就可以选择大小. Add exclusion 一栏里可以选择形状。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-19 13:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +14 Faune 2026-04-08 15/750 2026-04-08 23:21 by W23上岸哦
[考研] 0703化学求调剂 +16 不知名的小卅 2026-04-08 16/800 2026-04-08 21:53 by 旺旺豆包
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +5 池池池池池池 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:23 by zhyzzh
[考研] 求调剂 +9 月@163.com 2026-04-07 11/550 2026-04-08 14:48 by qlm5820
[考研] 266求调剂 +18 阳阳哇塞 2026-04-07 18/900 2026-04-08 12:59 by grayjzr
[考研] 机械调剂 +3 zzzbcb 2026-04-07 3/150 2026-04-07 22:19 by hemengdong
[考研] 334分控制工程求调剂 +4 姜尚真sadasd 2026-04-03 4/200 2026-04-07 09:26 by 蓝云思雨
[考研] 08600生物与医药-327 +9 18755400796 2026-04-05 9/450 2026-04-06 22:35 by 52305043001
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9，326分 +6 刘墨墨 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:36 by lijunpoly
[考研] 生物学求调剂 +5 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-06 11:56 by lijunpoly
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 11408,335分，本科211，求调剂，可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 282电子信息0854专硕调剂 +4 202451007219 2026-04-02 6/300 2026-04-04 21:55 by laoshidan
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 考研调剂 +3 Draa 2026-04-03 3/150 2026-04-03 17:37 by hgwz7468
[考研] 315求调剂 +6 顺理成张 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:04 by 百灵童888
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分，求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭